SAXSdb — 8gv6

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gv6
沉积日期 deposition_date	2022-09-14
结构标题 title	Crystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglutinin H14 (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010)
关键词 keywords	Influenza, hemagglutinin, antibody, broadly neutralizing, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.78 Å
零角强度 I(0) i0	717123000.00
分子量 molecular_weight	214800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	266330 Å³
包络体积 envelope_volume	349460 Å³
水化壳体积 shell_volume	68037 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.2 Å
壳层 Rg shell_rg	47.88 Å
包络 Rg envelope_rg	42.27 Å
形状 Rg shape_rg	42.79 Å
总 Rg total_rg	42.97 Å
总原子数 total_atoms	15123
残基数 n_residues	1932
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.9 Å
Rg (实空间) rg_real	43.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	717100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8805
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	81200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.662

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin H14-HA1
分子量 formula_weight	35513.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	15123

QITNGNTGNPVICLGHHAVENGTSVKTLTDNHIEVVSAKELVETNHINELCPSPLKLVDGQDCDLINGALGSPGCDHLQDTTWDVFIERPTAMDTCYPFDVPDYQSLRSILASSGSLEFIAEQFTWNGVTVDGSSSACLRGGRNGFFTRLNWLTRVKNGNYGPINVTKENTGSYVRLYLWGVHHPSSDTEQTDLYKVATGRVTVSTRSDQISIIPNIGSRPRVRNQSGRISIYWTLVNPGDSIIFNSIGNLIAPRGHYKINKSTKGTVLKSDKKIGSCTSPCLTDKGSIQSDKPFQNVSRIAIGNCPKYVKQGSLMLATGMRNIP

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010(H14N6))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1088701
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin H14-HA2
分子量 formula_weight	20949.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

DKQTKGLFGAIAGFIENGWQGLIDGWYGFRHQNAEGTGTAADLKSTQAAIDQINGKLNRLIEKTNEKYHQIEKEFEQVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDVTDSEMNKLFERVRRQLRENAEDQGNGCFEIFHQCDNNCIESIRNGTYDHNIYRDEAINNRIKINPV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010(H14N6))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1088701
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	PN-SIA28 heavy chain
分子量 formula_weight	13588.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFPFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAGVSYDGSYKYYADSVKGRFTISRDSSKSTLYLQMNSLRPEDTAVYYCARPSAIFGIYIILNGLDVWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	PN-SIA28 light chain
分子量 formula_weight	11527.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J

EIVLTQSPSSVSASVGDRVTITCRATQGISSWLAWYQQKPGKPPKLLIFGASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYFCQQAHSFPLTFGGGTKVEIKR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	8gv6B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8gv6D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8gv6F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8gv6G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gv6H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gv6I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8gv6J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	91.662 Å
晶胞边长 b length_b	120.990 Å
晶胞边长 c length_c	129.759 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	49.720 Å
R 因子 r_factor	0.2232
R_work r_work	0.2212
R_free r_free	0.2614

fit	/app/data/saxs_computation/gv/8gv6/8gv6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/8gv6/8gv6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/8gv6/8gv6.dat

Crystal structure of PN-SIA28 in complex with influenza hemagglutinin H14 (A/long-tailed duck/Wisconsin/10OS3912/2010)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)