SAXSdb — 8gy2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gy2
沉积日期 deposition_date	2022-09-21
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Alcohol Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
关键词 keywords	Complex, Oxidereductase, Membrane-bound protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.00 Å
零角强度 I(0) i0	305256000.00
分子量 molecular_weight	140860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	175580 Å³
包络体积 envelope_volume	209680 Å³
水化壳体积 shell_volume	51064 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.94 Å
包络 Rg envelope_rg	34.20 Å
形状 Rg shape_rg	33.95 Å
总 Rg total_rg	34.60 Å
总原子数 total_atoms	9943
残基数 n_residues	1264
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.9 Å
Rg (实空间) rg_real	34.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	305200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8691
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.131
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	107100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.883

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Alcohol dehydrogenase (quinone), dehydrogenase subunit
分子量 formula_weight	82938.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.5.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9943

MTSGLLTPIKVTKKRLLSCAAALAFSAAVPVAFAQEDTGTAITSSDNGGHPGDWLSYGRSYSEQRYSPLDQINTENVGKLKLAWHYDLDTNRGQEGTPLIVNGVMYATTNWSKMKALDAATGKLLWSYDPKVPGNIADRGCCDTVSRGAAYWNGKVYFGTFDGRLIALDAKTGKLVWSVYTIPKEAQLGHQRSYTVDGAPRIAKGKVLIGNGGAEFGARGFVSAFDAETGKLDWRFFTVPNPENKPDGAASDDILMSKAYPTWGKNGAWKQQGGGGTVWDSLVYDPVTDLVYLGVGNGSPWNYKFRSEGKGDNLFLGSIVAINPDTGKYVWHFQETPMDEWDYTSVQQIMTLDMPVNGEMRHVIVHAPKNGFFYIIDAKTGKFITGKPYTYENWANGLDPVTGRPNYVPDALWTLTGKPWLGIPGELGGHNFAAMAYSPKTKLVYIPAQQIPLLYDGQKGGFKAYHDAWNLGLDMNKIGLFDDNDPEHVAAKKDFLKVLKGWTVAWDPEKMAPAFTINHKGPWNGGLLATAGNVIFQGLANGEFHAYDATNGNDLYSFPAQSAIIAPPVTYTANGKQYVAVEVGWGGIYPFLYGGVARTSGWTVNHSRVIAFSLDGKDSLPPKNELGFTPVKPVPTYDEARQKDGYFMYQTFCSACHGDNAISGGVLPDLRWSGAPRGRESFYKLVGRGALTAYGMDRFDTSMTPEQIEDIRNFIVKRANESYDDEVKARENSTGVPNDQFLNVPQSTADVPTADHP

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter oxydans 621H
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	290633
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 2 polymer

描述 description	Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	51249.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.5.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLNALTRDRLVSEMKQGWKLAAAIGLMAVSFGAAHAQDADEALIKRGEYVARLSDCIACHTALHGQPYAGGLEIKSPIGTIYSTNITPDPEHGIGNYTLEDFTKALRKGIRKDGATVYPAMPYPEFARLSDDDIRAMYAFFMHGVKPVALQNKAPDISWPLSMRWPLGMWRAMFVPSMTPGVDKSISDPEVARGEYLVNGPGHCGECHTPRGFGMQVKAYGTAGGNAYLAGGAPIDNWIAPSLRSNSDTGLGRWSEDDIVTFLKSGRIDHSAVFGGMADVVAYSTQHWSDDDLRATAKYLKSMPAVPEGKNLGQDDGQTTALLNKGGQGNAGAEVYLHNCAICHMNDGTGVNRMFPPLAGNPVVITDDPTSLANVVAFGGILPPTNSAPSAVAMPGFKNHLSDQEMADVVNFMRKGWGNNAPGTVSASDIQKLRTTGAPVSTAGWNVSSKGWMAYMPQPYGEDWTFSPQTHTGVDDAQ

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter oxydans 621H
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	290633
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 3 polymer

描述 description	Small subunit of alcohol dehydrogenase
分子量 formula_weight	14282.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.5.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MFRRIVPVLGLALGLGLASQAAMAQEQSPPPPPAVQGTPGKDFTGVSPANLAGIMNYCVEQQYVSYDEGNPVLYGLSEKYKATEQTVGNFDYALGTAGYFDSNGKRFYLVAYTNEDDRRAACHAAVKAAQPML

来源 Source

来源生物 organism	Gluconobacter oxydans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	442
宿主生物 host_organism	Gluconobacter oxydans

Entity 4 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	PYRROLOQUINOLINE QUINONE
分子量 formula_weight	330.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8gy2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	247480

fit	/app/data/saxs_computation/gy/8gy2/8gy2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gy/8gy2/8gy2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gy/8gy2/8gy2.dat

Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Alcohol Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)