8gyr

Crystal structure of a variable region segment of Leptospira host-interacting outer surface protein, LigA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.0 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gyr
沉积日期 deposition_date	2022-09-23
结构标题 title	Crystal structure of a variable region segment of Leptospira host-interacting outer surface protein, LigA
关键词 keywords	;Leptospira, Leptospira immunoglobulin-like protein (Lig), microbial surface components recognizing adhesive matrix molecule (MSCRAMM), CELL ADHESION ;; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.56 Å
零角强度 I(0) i0	25757100.00
分子量 molecular_weight	38832.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48464 Å³
包络体积 envelope_volume	61611 Å³
水化壳体积 shell_volume	21028 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.1 Å
壳层 Rg shell_rg	30.37 Å
包络 Rg envelope_rg	30.15 Å
形状 Rg shape_rg	29.64 Å
总 Rg total_rg	29.40 Å
总原子数 total_atoms	2686
残基数 n_residues	365
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4875
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.807
峰度 Kurtosis kurtosis	0.193
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3366000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.283; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.156; Positv: 1.000; Valcen: 0.047; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Leptospira Immunoglobulin-like protein
分子量 formula_weight	18811.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3001

TQATLTSIEVSPTRASIAKGMTQKFTATGIFTDHSKKNITEQVTWKSSSKALSMLNAPGEEGTGKAIAVGNISITATLEKLSGKTDITVTPAILTSIQISPVKHCLVKGLTEKFSATGIYSDNSSKDITSAVTWHSSNNSVATISNTKGYQGQAHGTGTGTVDIKATLGNVSSAVSKLSVTA

来源 Source

来源生物 organism	Leptospira interrogans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	173
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	LigA
分子量 formula_weight	18967.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QATLTSIEVSPTRASIAKGMTQKFTATGIFTDHSKKNITEQVTWKSSSKALSMLNAPGEEGTGKAIAVGNISITATLEKLSGKTDITVTPAILTSIQISPVKHCLVKGLTEKFSATGIYSDNSSKDITSAVTWHSSNNSVATISNTKGYQGQAHGTGTGTVDIKATLGNVSSQVSKLSVTAAE

来源 Source

来源生物 organism	Leptospira interrogans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	173
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	315

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8gyrA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

结构域编号 domain_id	8gyrA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

结构域编号 domain_id	8gyrB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

结构域编号 domain_id	8gyrB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.219 Å
晶胞边长 b length_b	63.905 Å
晶胞边长 c length_c	171.839 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	85.920 Å
R 因子 r_factor	0.2089
R_work r_work	0.2076
R_free r_free	0.2341

fit	/app/data/saxs_computation/gy/8gyr/8gyr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gy/8gyr/8gyr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gy/8gyr/8gyr.dat

Crystal structure of a variable region segment of Leptospira host-interacting outer surface protein, LigA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)