8h0s

Crystal structure of MnmM from B. subtilis complexed with Gln-TTG anti-codon stem loop and SAM (2.90 A)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 143.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h0s
沉积日期 deposition_date	2022-09-30
结构标题 title	Crystal structure of MnmM from B. subtilis complexed with Gln-TTG anti-codon stem loop and SAM (2.90 A)
关键词 keywords	Methyltransferase, tRNA post-transcriptional modification, MnmC mnm5(s2)U, TRANSFERASE-RNA complex; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.84 Å
零角强度 I(0) i0	141023000.00
分子量 molecular_weight	89310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108750 Å³
包络体积 envelope_volume	148500 Å³
水化壳体积 shell_volume	33843 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.36 Å
包络 Rg envelope_rg	40.97 Å
形状 Rg shape_rg	40.85 Å
总 Rg total_rg	40.81 Å
总原子数 total_atoms	6241
残基数 n_residues	753
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	141000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7586
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8475000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.617; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.371; Smooth: 0.636

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative rRNA methylase YtqB
分子量 formula_weight	22253.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6351

MILKKILPYSKELLKMAAGEGDIVVDATMGNGHDTQFLAELVGENGHVYAFDIQESAVANTKERLGDMYQARTTLFHKSHDKIAESLPPETHGKVAAAVFNLGYLPGGDKSITTNGSSTIKAIEQLLSIMKDEGLIVLVVYHGHPEGKAEKNDVLEFCRDLDQQTARVLTYGFINQQNDPPFIVAIEKKAQISKGHHHHHHG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APCPGPGPAPCPUPUPUPGPAPCPUPCPCPGP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	5380.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	X,Y

ACGGACUUUGACUCCGU

Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.180 Å
晶胞边长 b length_b	60.755 Å
晶胞边长 c length_c	94.059 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.97 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	101.55 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	93.880 Å
R 因子 r_factor	0.2428
R_work r_work	0.2408
R_free r_free	0.2852

fit	/app/data/saxs_computation/h0/8h0s/8h0s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h0/8h0s/8h0s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h0/8h0s/8h0s.dat

Crystal structure of MnmM from B. subtilis complexed with Gln-TTG anti-codon stem loop and SAM (2.90 A)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)