8h28

;Crystal structure of the K87V mutant of cytochrome c' from Shewanella benthica DB6705 ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h28
沉积日期 deposition_date	2022-10-05
结构标题 title	;Crystal structure of the K87V mutant of cytochrome c' from Shewanella benthica DB6705 ;
关键词 keywords	;cytochrome c', Shewanella benthica, ELECTRON TRANSPORT ;; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.77 Å
零角强度 I(0) i0	15339700.00
分子量 molecular_weight	29569.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36993 Å³
包络体积 envelope_volume	42705 Å³
水化壳体积 shell_volume	18943 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.3 Å
壳层 Rg shell_rg	24.90 Å
包络 Rg envelope_rg	19.05 Å
形状 Rg shape_rg	18.75 Å
总 Rg total_rg	19.72 Å
总原子数 total_atoms	2070
残基数 n_residues	258
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.6 Å
Rg (实空间) rg_real	19.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9091
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.076
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3897000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.976

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Class II cytochrome c
分子量 formula_weight	14187.2 kDa
突变 mutation	K87V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2255

SNFKEADDAIHYRQSAFSLMAHNFGDMGAMLKGKKPFDSEIFAMRAQNVAALSKLPLEGFIPGSDQGETEALAKIWTEKSDFDAKMVTLQDNAAALLLASASDDKKLLKQSFMQVAKSCKGCHDVYKKD

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella sp. DB6705
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126830
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	179

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.773 Å
晶胞边长 b length_b	68.259 Å
晶胞边长 c length_c	45.507 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	37.430 Å
R 因子 r_factor	0.2072
R_work r_work	0.2021
R_free r_free	0.2545

fit	/app/data/saxs_computation/h2/8h28/8h28.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h2/8h28/8h28.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h2/8h28/8h28.dat

;Crystal structure of the K87V mutant of cytochrome c' from Shewanella benthica DB6705 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction