SAXSdb — 8h2t

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h2t
沉积日期 deposition_date	2022-10-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of IadD/E dioxygenase bound with IAA
关键词 keywords	heterohexamer, dioxygenase, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.08 Å
零角强度 I(0) i0	661894000.00
分子量 molecular_weight	203820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	252240 Å³
包络体积 envelope_volume	320830 Å³
水化壳体积 shell_volume	69889 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.41 Å
包络 Rg envelope_rg	35.62 Å
形状 Rg shape_rg	36.08 Å
总 Rg total_rg	36.63 Å
总原子数 total_atoms	14337
残基数 n_residues	1776
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	662000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8987
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.025
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.569
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	228100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.895

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Rieske (2Fe-2S) domain protein
分子量 formula_weight	49656.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,G
原子数 atom_count	14370

MTSYRDNPDAIRALVQDDRVHRDLYTSQELFELEQEHFFANTWNYVGHESQLPKPGDWISNEIAGRPLIVARHSDGSVRAMMNRCAHKGSRLVNGPCGNTGKFFRCPYHAWTFKTDGSLLAIPLKTGYENTALHECESAKGLTTLRYVRSHRGFIFVKISDAGPDFDDYFGDSLSSIDNMADRSPEGELEIAGGCLRFMHQCNWKMFVENLNDTMHPMVAHESSAGTAKRMWADKPEDEPKPMAVEQFAPFMSDYKFFEDMGIRTYDNGHSFTGVHFSIHSKYKAIPAYDDAMKARYGEAKTAQILGMARHNTVYYPNLTIKGAIQAIRVVKPISADRTLIESWTFRLKGAPPELLQRTTMYNRLINSPFSVVGHDDLQAYRGMQAGLHASGNEWVSLHRNYDPSELKGGEITTGGTNELPMRNQYRAWVQRMTETM

来源 Source

来源生物 organism	Variovorax paradoxus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34073
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
分子量 formula_weight	18952.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,H

MAGTEVTRQDLIDFVVNEAHLLDTRRYEEWNALFTDDAFYWVPLVPDQEDGLNHTSHLYEDKLLRELRIERLKSPRAFSQQPPSRCHHLLQVPVVEQFDAEGNRFVLRTGFHYTESQGDELQFYVGTFFHHLTVRDGALRMTLKRVNLLNCDAALPAVQLFI

来源 Source

来源生物 organism	Variovorax paradoxus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34073
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	1H-INDOL-3-YLACETIC ACID
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8h2tB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	8h2tD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	8h2tG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1000245

fit	/app/data/saxs_computation/h2/8h2t/8h2t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h2/8h2t/8h2t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h2/8h2t/8h2t.dat

Cryo-EM structure of IadD/E dioxygenase bound with IAA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)