8h3v

Cryo-EM structure of the full transcription activation complex NtcA-NtcB-TAC

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 248.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h3v
沉积日期 deposition_date	2022-10-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of the full transcription activation complex NtcA-NtcB-TAC
关键词 keywords	transcription activation complex, coordinated regulation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	70.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.87 Å
零角强度 I(0) i0	6838090000.00
分子量 molecular_weight	658550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	808680 Å³
包络体积 envelope_volume	1309500 Å³
水化壳体积 shell_volume	159080 Å³
包络直径 envelope_diameter	242.7 Å
壳层 Rg shell_rg	68.21 Å
包络 Rg envelope_rg	66.99 Å
形状 Rg shape_rg	68.82 Å
总 Rg total_rg	69.03 Å
总原子数 total_atoms	46048
残基数 n_residues	5533
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	248.8 Å
Rg (实空间) rg_real	70.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4570e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6834000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8548
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	79.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	433500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.754

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (125-MER)
分子量 formula_weight	38723.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	46048

GTTAAGTGTAATGCAAAAAACGCATATTCTCTATGCAAAAAACGCATTAATACGAGAATTTTGTAGCTACTTATACAAAATTCAGGAAAATTTTTCTGTATAATGGGAGCTGTCACGGATGCAGG

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (125-MER)
分子量 formula_weight	38571.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

CCTGCATCCGTGAGTCGAGGGTAATAACAGAAAAATTTTCCTGAATTTTGTATAAGTAGCTACAAAATTCTCGTATTAATGCGTTTTTTGCATAGAGAATATGCGTTTTTTGCATTACACTTAAC

Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	126781.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MVSSKKFNQVDKGRGMISENYIEPAFLLPDLIEIQRSSFRWFLEEGLIEELNSFSPITDYTGKLELHFLGHNYKLKEPKYSVEEAKRRDSTYAVQMYVPTRLLNKETGDIKEQEVFIGDLPLMTDRGTFIINGAERVIVNQIVRSPGVYYKSEIDKNGRRTYSASLIPNRGAWLKFETDRNDLVWVRIDKTRKLSAQVLLKALGLSDNEIFDALRHPEYFQKTIEKEGQFSEEEALMELYRKLRPGEPPTVLGGQQLLDSRFFDPKRYDLGRVGRYKLNKKLRLSVPDTVRVLTSGDILAAVDYLINLEYDIGSIDDIDHLGNRRVRSVGELLQNQVRVGLNRLERIIRERMTVSDAEVLTPASLVNPKPLVAAIKEFFGSSQLSQFMDQTNPLAELTHKRRLSALGPGGLTRERAGFAVRDIHPSHYGRICPIETPEGPNAGLIGSLATHARVNQYGFLETPFRPVENGRVRFDQPAAYMTADEEDDLRVAPGDIPVDENGYIIGPQVPVRYRQEFSTTTPEQVDYVAVSPVQIVSVATSMIPFLEHDDANRALMGSNMQRQAVPLLKPERPLVGTGLEAQGARDSGMVIVSRTDGDVVYVDATEIRVRVSGQLPTASGKSTDNGQLTSQKGQEIRYTVSKYQRSNQDTCLNQKPLVRIGERVVAGQVLADGSSTEGGELALGQNIVVAYMPWEGYNYEDAILISERLVQDDIYTSIHIEKYEIEARQTKLGPEEITREIPNVGEDALRQLDEQGIIRIGAWVEAGDILVGKVTPKGESDQPPEEKLLRAIFGEKARDVRDNSLRVPNGEKGRVVDVRLFTREQGDELPPGANMVVRVYVAQKRKIQVGDKMAGRHGNKGIISRILPIEDMPYLPDGSPVDIVLNPLGVPSRMNVGQVFECLLGWAGHTLGVRFKITPFDEMYGEESSRRIVHGKLQEARDETGKDWVYNPDDPGKIMVYDGRTGEAFDRPVTIGVAYMLKLVHLVDDKIHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQQGGQRFGEMEVWALEAFGAAYTLQELLTVKSDDMQGRNEALNAIVKGKAIPRPGTPESFKVLMRELQSLGLDIAVHKVETQADGSSLDVEVDLMADQLARRTPPRPTYESLSRESLDDDE

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	147137.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIFRNRVVDKGQLRNLISWAFTHYGTARTAVMADKLKDLGFRYATRAGVSISVDDLMVPPSKRSLLEAAEEEIRATEVRYQRGEITEVERFQKVIDTWNGTSEALKDEVVTHFKQTNPLNSVYMMAFSGARGNISQVRQLVGMRGLMADPQGEIIDLPIKTNFREGLTVTEYIISSYGARKGLVDTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIIREIDCGTTRGIPVRPMTEGSKTLIKLSTRLLGRVVGEDVIHPKTKEVIAPRNTPISDDLAKEIEKAGVAEVVVRSPLTCEAARSVCQHCYGWSLAHAKMVDLGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVFTGEVAQQVRSKMDGTIKLPRKLRTRTHRTRHGEDALFVESNGIMILEPRKEGSETPAPQEIHVTQGSTIYIVDGQQVKKGQLLAEVALGGRTTRTNTEKAVKDVASDLAGEVKFAEVVPEQKTDRQGNTTTTAARGGLIWILSGEVYNLPPGAELVVKNGDRVETNGVLAETKLTTIHGGVVRLPEATPGKSTREIEIITASVVLDQATVTVQSSQGRNNYLITTGNNQVFNLRATPGTKVQNGQVVAELIDDRYRTTTGGFLKFAGVEVQKKGKAKLGYEVVQGGTLLWIPEETHEVNKDISLLLVEDGQYVEAGTEVVKDIFCQNSGVVEVTQKNDILREVVVKPGELLMVDDPEAVIGRDNTLLQPGEELLGQVATELRYIQYVESPEGPALLSRPVVEFAVPSNPDVPSTTSVSQQTGRSIQMRAVQRLPYKDSERVKSVEGVELLRTQLVLEIEQEGEQEHNASPLAADIELIPDLEDADVQRLQLVILESLVLRRDIAADATQGSTQTSLEVKDGDTIVPGSVVARTQILSKEGGIVRGVQKGSEAVRRCLVLRHSDMATLNISAKPKVKAGDLIVAGTELAPGIFAEESGQIVGVKNAGESTTTQDAALSTQNYAVTIRAGRPYRVSPGAVLQIEDGDLVQRGDNLVLLVFERAKTGDIIQGLPRIEELLEARKPKEACILAKRGGEVKVVYGDGDEAIAIKVIESNGVVTDYPLGPGQNLAMPDGSVVPAGQPLSDGPSNPHEILEVFFSLGSEDGVYACASHALQKVQTFLVNEVQMVYQSQGIDIADKHIEVIVRQMTNKVRIDDGGDTTMLPGELVELRQVEQVNEAMAITGGARAQYTPVLLGITKASLNTDSFISAASFQETTRVLTEAAIEGKSDWLRGLKENVIIGRLIPAGTGYNTYDEPGMLEDYSTLETTSVLDETDDPLDMVLDDRTARAYNLDSPGLAETGFNNRRSILDDDELIADEIHDLVEAEVEVDDEVDDDYEDDDEDDDDYED

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	26166.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MVAQFQIECVESNTEESRNHYSKFILEPLERGQGTTVGNALRRVLLSNLEGTAVTAVRIAGVSHEFATVPGVREDVLEIIMRMKEVILKSYSSQAQIGRLLVNGPTTITASHFDLPSEVEVIDPTQYVATIAEGGKLEMEFRIERGKGYRTVERGREEATSLDFLQIDSIFMPVRKVNYSVEEVRADGSIPKDRLLLEVWTNGSISPQEALSSAAGILVDLFNPLKDISLEPTDTN

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
分子量 formula_weight	70653.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MRPAQTNQFDYVKIGLASPERIRQWGERTLPNGQVVGEVTKPETINYRTLKPEMDGLFCERIFGPAKDWECHCGKYKRVRHRGIVCERCGVEVTESRVRRHRMGYIKLAAPVAHVWYLKGIPSYISILLDMPLRDVEQIVYFNSYVVLSPGNAETLTYKQLLSEDQWLEIEDQIYSEDSQLQGVEVGIGAEALLRLLADINLEQEAESLREEIGSAKGQKRAKLIKRLRVIDNFIATGSKPEWMVMTVIPVIPPDLRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLARLQEILAPEIIVRNEKRMLQEAVDALIDNGRRGRTVVGANNRPLKSLSDIIEGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPKLKIHQCGLPREMAIELFQPFVINRLIRSGMVNNIKAAKKLISRNDPSVWDVLEEVIEGHPVMLNRAPTLHRLGIQAFEPILVEGRAIQLHPLVCPAFNADFDGDQMAVHVPLSLESQAEARLLMLASNNILSPATGRPIITPSQDMVLGAYYLTAENPGATKGAGKYFASLDDVIMAFQQEQIDLHAYVYVRFDGDVESDQPDTEPVKVTTNEDGSRTVLYKYRRVREDAQGNVISQYIYTTPGRVIYNKAIQEALAS

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	9143.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MLKRSKFETTQSQIMHRAEDLISAASNRYRITVQVANRAKRRRYEEFESAEDAMMKPVLRAIIEMSDELTQPEIIGEI

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA
分子量 formula_weight	45717.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MNQANNVLDSIYQPDLEIMNQPEIELDDLLIEEDEDLLLADDGDIDEFLEPQTDEDDAKSGKAAKSRRRTQSKKKHYTEDSIRLYLQEIGRIRLLRADEEIELARKIADLLELERVRERLSEKLERDPRDSEWAEAVQLPLPAFRYRLHIGRRAKDKMVQSNLRLVVSIAKKYMNRGLSFQDLIQEGSLGLIRAAEKFDHEKGYKFSTYATWWIRQAITRAIADQSRTIRLPVHLYETISRIKKTTKLLSQEMGRKPTEEEIATRMEMTIEKLRFIAKSAQLPISLETPIGKEEDSRLGDFIESDGETPEDQVSKNLLREDLEKVLDSLSPRERDVLRLRYGLDDGRMKTLEEIGQIFNVTRERIRQIEAKALRKLRHPNRNSVLKEYIR

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 polymer

描述 description	NtcB
分子量 formula_weight	34941.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V

MRLEQLQAFLAIAETGSFQKAASKCGVTQSTISRQIQSLEADLGLELFHRTNHSKLTLGGERLLPRARKICLEWETATQELGDLIAGKQPELCIAAIHSLCGSYLPPVLQKFCRDYPEVQLRVTSLGSDRALKVLKDGLVDLAIVMNNRFLTTGRDMVVEVLYDEPIELLTAANHPLAAYERVPWSELVRYPQVVFKDGYGMQRLVQEKFERLEATLQAALEVNTLDAFRGVVRQGELIALLPSSALVEARLDPTLAVRPLANSALPENSGLTRRVVMVTTQDRLQIPPIKHFWQLVRENIPPIVERQRSAS

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 10 polymer

描述 description	NtcA
分子量 formula_weight	24951.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

MIVTQDKALANVFRQMATGAFPPVVETFERNKTIFFPGDPAERVYFLLKGAVKLSRVYEAGEEITVALLRENSVFGVLSLLTGNKSDRFYHAVAFTPVELLSAPIEQVEQALKENPELSMLMLRGLSSRILQTEMMIETLAHRDMGSRLVSFLLILCRDFGVPCADGITIDLKLSHQAIAEAIGSTRVTVTRLLGDLREKKMISIHKKKITVHKPVTLSRQFT

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1163
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	65446

fit	/app/data/saxs_computation/h3/8h3v/8h3v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h3/8h3v/8h3v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h3/8h3v/8h3v.dat

Cryo-EM structure of the full transcription activation complex NtcA-NtcB-TAC

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)