SAXSdb — 8h4p

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h4p
沉积日期 deposition_date	2022-10-11
结构标题 title	class I sesquiterpene synthase
关键词 keywords	class I sesquiterpene synthase, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.53 Å
零角强度 I(0) i0	89095900.00
分子量 molecular_weight	74800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93775 Å³
包络体积 envelope_volume	105580 Å³
水化壳体积 shell_volume	34443 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.38 Å
包络 Rg envelope_rg	24.82 Å
形状 Rg shape_rg	24.51 Å
总 Rg total_rg	25.48 Å
总原子数 total_atoms	5276
残基数 n_residues	652
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8873
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.345
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Longiborneol synthase CLM1
分子量 formula_weight	38950.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6211

GSHMAMLATPTLSNFDKPSLPSSEGGDPALAARLQPLYSRFLTDLDLQPEYRRHESEKLMEEVLKFAKSTGVPHDLNSHSYQSLMVGYTYADNCLPYHDIEVKVYVAIYTWLATICDDAEALGIIDDVQLFEQRFILGEEQPTVLLRAFADQLKLTYKLYHPLVANLILCSSLNLLTSTSLVARKGIKEKGDHPSKGGNYFAWYIRERDGVGEAYSWFTFPKRQFPNLDIPIEAIEDMTRFIAYLNDVLSFYKESLAGETHNYINHTAAYEGVDSDAALHKTAQDTIDCARRIESVLAGKGEYEKAWRLHASGYLQMHVQRGRYRLIEVGVGDAPDVHEVIKKI

来源 Source

来源生物 organism	Gibberella zeae (strain ATCC MYA-4620 / CBS 123657 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / PH-1)
通用名 common_name	Wheat head blight fungus, Fusarium graminearum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	229533
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE
分子量 formula_weight	178.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-benzyl-N,N-diethylethanaminium
分子量 formula_weight	192.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	935

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8h4pA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	8h4pB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.704 Å
晶胞边长 b length_b	59.416 Å
晶胞边长 c length_c	83.548 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.470 Å
最低分辨率 resolution_low	24.790 Å
R 因子 r_factor	0.1722
R_work r_work	0.1708
R_free r_free	0.1975

fit	/app/data/saxs_computation/h4/8h4p/8h4p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h4/8h4p/8h4p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h4/8h4p/8h4p.dat

class I sesquiterpene synthase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction