8h4q

Aspergillomarasmine A biosynthese complex with OPS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.0 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h4q
沉积日期 deposition_date	2022-10-11
结构标题 title	Aspergillomarasmine A biosynthese complex with OPS
关键词 keywords	Aspergillomarasmine A biosynthese, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.49 Å
零角强度 I(0) i0	170132000.00
分子量 molecular_weight	107200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133870 Å³
包络体积 envelope_volume	205340 Å³
水化壳体积 shell_volume	36372 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.97 Å
包络 Rg envelope_rg	44.33 Å
形状 Rg shape_rg	47.47 Å
总 Rg total_rg	47.79 Å
总原子数 total_atoms	7528
残基数 n_residues	969
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.0 Å
Rg (实空间) rg_real	47.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	170100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4742
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.029
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.842
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4871000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.443; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.795; Smooth: 0.017

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Rhodanese domain-containing protein
分子量 formula_weight	57840.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,A
原子数 atom_count	7539

MIPRNLLNAYAGPNALRDYFDPDCQPMIPLVEIPQSLNPFYEDGVRIHAKMMSMHPSNNVKIMPALNMLTKEVQPEKSKTVIEYSSGSTVISLALVSRINHGINDVRAFLSNKTSAPKLRLMQFFGLDVTLFGGPSQPAPNDERGGIYRARMMAREDEAILNVDQYENDANWQSHVKWTGPQIHEQLPSIRLICAGMGTSGTMTGLGQYFKTAKPSVFRLGVCTAAGDRVPGPRSLALLSPVEFPWRDSVDAIEEVGSKDAFTLSLKLCREGLICGPSSGFNLQGLFNYLGRLKAAGTLSSLAGPYGIIDCAFICCDLPYPYVDEYFDKLGDNAFHPIRNQNLAAVDLYRYDEAWELEPSSALSHFTSSTHGVEAVLLDLRKPEDFIMSHIPGSYNLPLQSSNASTPSPFTDAMVLEKQWKELEATFTLDRINAHDLSGKDVYILCYNGDTARVATSVLRAKGISASSVKGGIAAVRKDLPQMQMAERGRVLVQQDWIKTPEIVAKELRVDSLSPAARGPNEITV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrenophora teres f. teres 0-1
通用名 common_name	Barley net blotch fungus, Drechslera teres f. teres
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	861557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID
分子量 formula_weight	318.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.125 Å
晶胞边长 b length_b	264.071 Å
晶胞边长 c length_c	163.897 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.220 Å
最低分辨率 resolution_low	24.190 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2155
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/h4/8h4q/8h4q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h4/8h4q/8h4q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h4/8h4q/8h4q.dat

Aspergillomarasmine A biosynthese complex with OPS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction