8h5a

Crystal structure of YhaJ effector binding domain (ligand-bound)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 186.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h5a
沉积日期 deposition_date	2022-10-12
结构标题 title	Crystal structure of YhaJ effector binding domain (ligand-bound)
关键词 keywords	Transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.44 Å
零角强度 I(0) i0	1818480000.00
分子量 molecular_weight	366590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	463780 Å³
包络体积 envelope_volume	667640 Å³
水化壳体积 shell_volume	105900 Å³
包络直径 envelope_diameter	201.8 Å
壳层 Rg shell_rg	56.59 Å
包络 Rg envelope_rg	51.75 Å
形状 Rg shape_rg	53.43 Å
总 Rg total_rg	53.55 Å
总原子数 total_atoms	25766
残基数 n_residues	3235
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.9 Å
Rg (实空间) rg_real	53.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8180e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1818000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8245
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	70.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	0.241
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	229900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.687; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.663

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	HTH-type transcriptional regulator YhaJ
分子量 formula_weight	23123.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	25837

GSHMETHLTIVTEALVPTPAFFPLIDKLAAKANTQLAIITEVLAGAWERLEQGRADIVIAPDMHFRSSSEINSRKLYTLMNVYVAAPDHPIHQEPEPLSEVTRVKYRGIAVADTARERPVLTVQLLDKQPRLTVSTIEDKRQALLAGLGVATMPYPMVEKDIAEGRLRVVSPESTSEIDIIMAWRRDSMGEAKSWCLREIPKLFNGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH5[alpha]

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-methylbenzene-1,4-diol
分子量 formula_weight	124.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	50

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	71

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	215.745 Å
晶胞边长 b length_b	215.745 Å
晶胞边长 c length_c	264.158 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	144

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.803 Å
最低分辨率 resolution_low	34.998 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1838
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/h5/8h5a/8h5a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h5/8h5a/8h5a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h5/8h5a/8h5a.dat

Crystal structure of YhaJ effector binding domain (ligand-bound)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction