8h5t

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with neutralizing nanobody Nb-015

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h5t
沉积日期 deposition_date	2022-10-13
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with neutralizing nanobody Nb-015
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN, IMMUNE SYSTEM; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.88 Å
零角强度 I(0) i0	21151800.00
分子量 molecular_weight	34351.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42660 Å³
包络体积 envelope_volume	50940 Å³
水化壳体积 shell_volume	19778 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.36 Å
包络 Rg envelope_rg	23.21 Å
形状 Rg shape_rg	22.81 Å
总 Rg total_rg	23.79 Å
总原子数 total_atoms	2420
残基数 n_residues	305
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8214
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.553
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.161
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6164000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.725; Smooth: 0.900

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	24501.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2566

VQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody Nb-015
分子量 formula_weight	14281.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QLQLVESGGGWVQAGGSRRLSCAASGFTLDSYAVGWFRQAPGKEREWVSCSRSDGTTYQSDSMKGRFTISRDNTKNTVYLQMNSLKAEDTAVYYCASRRSYGCDYYGMEYWGKGTLVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Brevibacillus choshinensis

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.816 Å
晶胞边长 b length_b	75.816 Å
晶胞边长 c length_c	119.834 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	26.152 Å
R 因子 r_factor	0.1727
R_work r_work	0.1711
R_free r_free	0.2047

fit	/app/data/saxs_computation/h5/8h5t/8h5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h5/8h5t/8h5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h5/8h5t/8h5t.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with neutralizing nanobody Nb-015

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)