8h5z

Crystal structure of RadD/ATP analogue complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 186.8 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h5z
沉积日期 deposition_date	2022-10-14
最后修订 last_revision	2023-10-18
结构标题 title	Crystal structure of RadD/ATP analogue complex
关键词 keywords	helicase superfamily 2 DNA repair ATPase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.20 Å
零角强度 I(0) i0	221994000.00
分子量 molecular_weight	122920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152950 Å³
包络体积 envelope_volume	257180 Å³
水化壳体积 shell_volume	36303 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.0 Å
壳层 Rg shell_rg	59.49 Å
包络 Rg envelope_rg	58.91 Å
形状 Rg shape_rg	61.21 Å
总 Rg total_rg	61.12 Å
总原子数 total_atoms	8670
残基数 n_residues	1114
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.8 Å
Rg (实空间) rg_real	61.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.3737
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.383
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.996
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6274000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.197; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.001; Positv: 1.000; Valcen: 0.255; Smooth: 0.005

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative DNA repair helicase RadD
分子量 formula_weight	66509.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	8670

MIFTLRPYQQEAVDATLNHFRRHKTPAVIVLPTGAGKSLVIAELARLARGRVLVLAHVKELVAQNHAKYQALGLEADIFAAGLKRKESHGKVVFGSVQSVARNLDAFQGEFSLLIVDECHRIGDDEESQYQQILTHLTKVNPHLRLLGLTATPFRLGKGWIYQFHYHGMVRGDEKALFRDCIYELPLRYMIKHGYLTPPERLDMPVVQYDFSRLQAQSNGLFSEADLNRELKKQQRITPHIISQIMEFAATRKGVMIFAATVEHAKEIVGLLPAEDAALITGDTPGAERDVLIENFKAQRFRYLVNVAVLTTGFDAPHVDLIAILRPTESVSLYQQIVGRGLRLAPGKTDCLILDYAGNPHDLYAPEVGTPKGKSDNVPVQVFCPACGFANTFWGKTTADGTLIEHFGRRCQGWFEDDDGHREQCDFRFRFKNCPQCNAENDIAARRCRECDTVLVDPDDMLKAALRLKDALVLRCSGMSLQHGHDEKGEWLKITYYDEDGADVSERFRLQTPAQRTAFEQLFIRPHTRTPGIPLRWITAADILAQQALLRHPDFVVARMKGQYWQVREKVFDYEGRFRLAHELRG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	82.589 Å
晶胞边长 b length_b	79.168 Å
晶胞边长 c length_c	109.824 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.976 Å
R 因子 r_factor	0.2416
R_work r_work	0.2395
R_free r_free	0.2809

fit	/app/data/saxs_computation/h5/8h5z/8h5z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h5/8h5z/8h5z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h5/8h5z/8h5z.dat

Crystal structure of RadD/ATP analogue complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction