8h7c

Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T) - Pt derivative

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h7c
沉积日期 deposition_date	2022-10-19
最后修订 last_revision	2023-09-20
结构标题 title	Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T) - Pt derivative
关键词 keywords	Binary patterned library, De novo enzyme, Dimeric 4-helix bundle, Ferric enterobactin esterase, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.12 Å
零角强度 I(0) i0	11254400.00
分子量 molecular_weight	22858.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27624 Å³
包络体积 envelope_volume	34542 Å³
水化壳体积 shell_volume	15440 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.50 Å
包络 Rg envelope_rg	21.42 Å
形状 Rg shape_rg	20.92 Å
总 Rg total_rg	22.29 Å
总原子数 total_atoms	1587
残基数 n_residues	182
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7651
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.709
峰度 Kurtosis kurtosis	0.098
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4729000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.448; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.648; Smooth: 0.949

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4
分子量 formula_weight	12481.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.108
突变 mutation	K4T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1655

MYGTLNQLFHNLNEIVEDLNKNWHRERRTLHDFADELHQLVKHVHHFMQGHKNEGKLQDIVNQLDKLFRDLDNHLQRKDDTVHHRHHQLNKLLAQLDNLVHR

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PLATINUM (II) ION
分子量 formula_weight	195.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRACHLOROPLATINATE(II)
分子量 formula_weight	336.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	47.986 Å
晶胞边长 b length_b	61.468 Å
晶胞边长 c length_c	128.991 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2347
R_work r_work	0.2327
R_free r_free	0.2704

fit	/app/data/saxs_computation/h7/8h7c/8h7c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/8h7c/8h7c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/8h7c/8h7c.dat