8h7d

Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h7d
沉积日期 deposition_date	2022-10-19
最后修订 last_revision	2023-09-20
结构标题 title	Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T)
关键词 keywords	Binary patterned library, De novo enzyme, Dimeric 4-helix bundle, Ferric enterobactin esterase, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.02 Å
零角强度 I(0) i0	10194900.00
分子量 molecular_weight	22491.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27713 Å³
包络体积 envelope_volume	34803 Å³
水化壳体积 shell_volume	15532 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.47 Å
包络 Rg envelope_rg	21.44 Å
形状 Rg shape_rg	20.99 Å
总 Rg total_rg	21.81 Å
总原子数 total_atoms	1593
残基数 n_residues	183
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.8080e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4120e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6520
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.526
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.201
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.6300
最高正则化参数 α highest_alpha	6394000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 0.984; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4
分子量 formula_weight	12481.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.108
突变 mutation	K4T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1637

MYGTLNQLFHNLNEIVEDLNKNWHRERRTLHDFADELHQLVKHVHHFMQGHKNEGKLQDIVNQLDKLFRDLDNHLQRKDDTVHHRHHQLNKLLAQLDNLVHR

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	47.986 Å
晶胞边长 b length_b	61.928 Å
晶胞边长 c length_c	127.639 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2485
R_work r_work	0.2457
R_free r_free	0.3025

fit	/app/data/saxs_computation/h7/8h7d/8h7d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/8h7d/8h7d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/8h7d/8h7d.dat

Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction