8hbm

Structural basis of the farnesoid X receptor/retinoid X receptor heterodimer on inverted repeat DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hbm
沉积日期 deposition_date	2022-10-29
结构标题 title	Structural basis of the farnesoid X receptor/retinoid X receptor heterodimer on inverted repeat DNA
关键词 keywords	FXR, RXR, DNA, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.80 Å
零角强度 I(0) i0	86217200.00
分子量 molecular_weight	54092.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59126 Å³
包络体积 envelope_volume	89192 Å³
水化壳体积 shell_volume	25202 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.42 Å
包络 Rg envelope_rg	32.40 Å
形状 Rg shape_rg	32.85 Å
总 Rg total_rg	32.85 Å
总原子数 total_atoms	3633
残基数 n_residues	373
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5851
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.509
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.575
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.7050
最高正则化参数 α highest_alpha	6658000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 0.936; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.528; Smooth: 0.044

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Retinoic acid receptor RXR-alpha
分子量 formula_weight	10733.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	3633

LEVLFQGPFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Bile acid receptor
分子量 formula_weight	12446.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

LEVLFQGPSAGRIKGDELCVVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSITKNAVYKCKNGGNCVMDMYMRRKCQECRLRKCKEMGMLAECMYTGLLTEIQCKSKRLRKNVK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPGPAPGPGPTPCPAPAPTPGPAPCPCPTPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5501.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

CCGAGGTCAATGACCTCG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPGPAPGPGPTPCPAPTPTPGPAPCPCPTPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5492.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

CCGAGGTCATTGACCTCG

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.650 Å
晶胞边长 b length_b	60.016 Å
晶胞边长 c length_c	241.797 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	49.570 Å
R 因子 r_factor	0.2529
R_work r_work	0.2478
R_free r_free	0.3008

fit	/app/data/saxs_computation/hb/8hbm/8hbm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hb/8hbm/8hbm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hb/8hbm/8hbm.dat

Structural basis of the farnesoid X receptor/retinoid X receptor heterodimer on inverted repeat DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)