SAXSdb — 8hcn

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hcn
沉积日期 deposition_date	2022-11-02
结构标题 title	CryoEM Structure of Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex
关键词 keywords	Urease, UreA, UreB, UreC, UreF, UreD, Klebsiella pneumoniae, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.24 Å
零角强度 I(0) i0	1625270000.00
分子量 molecular_weight	334940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	419190 Å³
包络体积 envelope_volume	494470 Å³
水化壳体积 shell_volume	89541 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.5 Å
壳层 Rg shell_rg	51.36 Å
包络 Rg envelope_rg	44.53 Å
形状 Rg shape_rg	44.26 Å
总 Rg total_rg	44.39 Å
总原子数 total_atoms	23568
残基数 n_residues	3099
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1626000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8726
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.607
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	363300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.457

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Urease subunit gamma
分子量 formula_weight	11100.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	23568

MELTPREKDKLLLFTAALVAERRLARGLKLNYPESVALISAFIMEGARDGKSVASLMEEGRHVLTREQVMEGVPEMIPDIQVEATFPDGSKLVTVHNPII

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Urease subunit beta
分子量 formula_weight	11712.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

MIPGEYHVKPGQIALNTGRATCRVVVENHGDRPIQVGSHYHFAEVNPALKFDRQQAAGYRLNIPAGTAVRFEPGQKREVELVAFAGHRAVFGFRGEVMGPLEVNDE

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Urease subunit alpha
分子量 formula_weight	60352.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

MSNISRQAYADMFGPTVGDKVRLADTELWIEVEDDLTTYGEEVKFGGGKVIRDGMGQGQMLAADCVDLVLTNALIVDHWGIVKADIGVKDGRIFAIGKAGNPDIQPNVTIPIGAATEVIAAEGKIVTAGGIDTHIHWICPQQAEEALVSGVTTMVGGGTGPAAGTHATTCTPGPWYISRMLQAADSLPVNIGLLGKGNVSQPDALREQVAAGVIGLKIHEDWGATPAAIDCALTVADEMDVQVALHSDTLNESGFVEDTLAAIGGRTIHTFHTEGAGGGHAPDIITACAHPNILPSSTNPTLPYTLNTIDEHLDMLMVCHHLDPDIAEDVAFAESRIRRETIAAEDVLHDLGAFSLTSSDSQAMGRVGEVILRTWQVAHRMKVQRGALAEETGDNDNFRVKRYIAKYTINPALTHGIAHEVGSIEVGKLADLVVWSPAFFGVKPATVIKGGMIAIAPMGDINASIPTPQPVHYRPMFGALGSARHHCRLTFLSQAAAANGVAERLNLRSAIAVVKGCRTVQKADMVHNSLQPNITVDAQTYEVRVDGELITSEPADVLPMAQRYFLF

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Urease accessory protein UreD
分子量 formula_weight	31276.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

MWSHPQFEKHGTVLPPLKKGWQATLDLRFHQAGGKTVLASAQHVGPLTVQRPFYPEEETCHLYLLHPPGGIVGGDELTISAQLAPGCHTLITMPGASKFYRSSGAQALVRQQLTLAPQATLEWLPQDAIFFPGANARLFTTFHLCASSRLLAWDLLCLGRPVIGETFSHGTLSNRLEVWVDDEPLLVERLQLQEGELSSVAERPWVGTLLCYPATDALLDGVRDALAPLGLYAGASLTDRLLTVRFLSDDNLICQRVMRDVWQFLRPHLTGKSPVLPRIWLT

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	8hcnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	280 — Urease; subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, gamma-like subunit

结构域编号 domain_id	8hcnC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	8hcnC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8hcnE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	280 — Urease; subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, gamma-like subunit

结构域编号 domain_id	8hcnG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	8hcnG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	8hcnI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	280 — Urease; subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, gamma-like subunit

结构域编号 domain_id	8hcnK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	8hcnK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	89857

fit	/app/data/saxs_computation/hc/8hcn/8hcn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hc/8hcn/8hcn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hc/8hcn/8hcn.dat

CryoEM Structure of Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)