8hcy

Legionella glycosyltransferase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 143.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hcy
沉积日期 deposition_date	2022-11-03
结构标题 title	Legionella glycosyltransferase
关键词 keywords	glucosyltransferase, upd-glucose, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.40 Å
零角强度 I(0) i0	735629000.00
分子量 molecular_weight	224730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	282040 Å³
包络体积 envelope_volume	436340 Å³
水化壳体积 shell_volume	79926 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.83 Å
包络 Rg envelope_rg	43.91 Å
形状 Rg shape_rg	46.38 Å
总 Rg total_rg	46.66 Å
总原子数 total_atoms	15824
残基数 n_residues	1996
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.4 Å
Rg (实空间) rg_real	46.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	735800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8972
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.127
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.597
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.804

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Dot/Icm secretion system substrate
分子量 formula_weight	98615.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,B,D
原子数 atom_count	16216

MKEQQKAIFIENIKSTCAVDEQMAKELADSLLEIHQLNTGVNEQTLINEVFLTKFALYLKIGKEVALDWVRKNKDLDTPFPSNTVENQPAQDAKKPVENKVQVYGAMTVGSSPVNKTLNRLTNDLLKEVVERGKTQKAQKLRAYIFDQLARRLEASLSQEQINDLYNRIRGTGDYTKSESFSEEQLKILKEKVVPELKRELSDLSNGNVNILGLDVSREDKYAFDTTNIFSVWFSNNPAVYMPQHVKTQVEKTAKLNQPGKTRIVFSSLCLNETAQIDFQQWAKENNIELVDIDSIDLKSVSETDAQLLNLAKDELGAMRKGKGGNPAAASDLVRWVDVIIGESSTYIDIDLPMNDKKVTVEVHSGFPVLLNMGSALTKDGQQPAMENPAFNTDMIAYSKDKEARRQIIEGVAKKIIARYENCAKYIEESKNEELVRLKNSPGYKLFVEKTDGKFDLCTLRAAVSEAHQDALSFATFFGAEYFAKTFATQELIPVIKEAIQHQNQDLLTSVIENHIEKQHLNDYPKTPDGIKKLLKSFQGIVYKPLVMEFSGPSAVSSSWVEAISGRSIPRNFEYLAEPMSQPLRVLQHYACVSGKANFSSDNIPKWCELQSDVEKRQQQREDGLSWLPDAQEKLKREGQQAKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEQRIKLEEEHKSKKYFAQSDAIDLILNNFENEINSIGAYYAPAKQRAIELLDTLRKYKEEAFNDPSREKLISFAQSTKRAIQEATPILQKDLGWGDYLTNLAKQLVNAVTFAVAYAVTFGTTGHQGFFALKSSLAVSQSQNLEGAINSELSQKNC

来源 Source

来源生物 organism	Legionella
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	445
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	392

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.361 Å
晶胞边长 b length_b	112.615 Å
晶胞边长 c length_c	125.795 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	29.310 Å
R 因子 r_factor	0.2401
R_work r_work	0.2396
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/hc/8hcy/8hcy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hc/8hcy/8hcy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hc/8hcy/8hcy.dat

Legionella glycosyltransferase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)