8hdd

Complex structure of catalytic, small, and a partial electron transfer subunits from Burkholderia cepacia FAD glucose dehydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hdd
沉积日期 deposition_date	2022-11-04
结构标题 title	Complex structure of catalytic, small, and a partial electron transfer subunits from Burkholderia cepacia FAD glucose dehydrogenase
关键词 keywords	Glucose dehydrogenase, FAD, Burkholderia cepacia, cytochrome c, HEM, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.85 Å
零角强度 I(0) i0	120184000.00
分子量 molecular_weight	85980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107230 Å³
包络体积 envelope_volume	125360 Å³
水化壳体积 shell_volume	37641 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.28 Å
包络 Rg envelope_rg	27.30 Å
形状 Rg shape_rg	26.86 Å
总 Rg total_rg	27.60 Å
总原子数 total_atoms	6037
残基数 n_residues	768
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7332
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.335
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.534; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glucose dehydrogenase
分子量 formula_weight	59906.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.5.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6037

MADTDTQKADVVVVGSGVAGAIVAHQLAMAGKAVILLEAGPRMPRWEIVERFRNQPDKMDFMAPYPSSPWAPHPEYGPPNDYLILKGEHKFNSQYIRAVGGTTWHWAASAWRFIPNDFKMKSVYGVGRDWPIQYDDLEPYYQRAEEELGVWGPGPEEDLYSPRKQPYPMPPLPLSFNEQTIKTALNNYDPKFHVVTEPVARNSRPYDGRPTCCGNNNCMPICPIGAMYNGIVHVEKAERAGAKLIENAVVYKLETGPDKRIVAALYKDKTGAEHRVEGKYFVLAANGIETPKILLMSANRDFPNGVANSSDMVGRNLMDHPGTGVSFYASEKLWPGRGPQEMTSLIGFRDGPFRATEAAKKIHLSNLSRIDQETQKIFKAGKLMKPDELDAQIRDRSARYVQFDCFHEILPQPENRIVPSKTATDAIGIPRPEITYAIDDYVKRGAAHTREVYATAAKVLGGTDVVFNDEFAPNNHITGSTIMGADARDSVVDKDCRTFDHPNLFISSSATMPTVGTVNVTLTIAALALRMSDTLKKEV

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia cepacia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Glucose dehydrogenase beta subunit
分子量 formula_weight	51797.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGKSTLTFLIAGCLALPGFARAADAADPALVKRGEYLATAGDCMACHTVKGGKPYAGGLGMPVPMLGKIYTSNITPDPDTGIGKWTFEDFERAVRHGVSKNGDNLYPAMPYVSYAKITDDDVRALYAYFMHGVEPVKQAPPKNEIPALLSMRWPLKIWNWLFLKDGPYQPKPSQSAEWNRGAYLVQGLAHCSTCHTPRGIAMQEKSLDETGGSFLAGSVLAGWDGYNITSDPNAGIGSWTQQQLVQYLRTGSVPGVAQAAGPMAEAVEHSFSKMTEADIGAIATYVRTVPAVADSNAKQPRSSWGKPAEDGLKLRGVALASSGIDPARLYLGNCATCHQMQGKGTPDGYYPSLFHNSTVGASNPSNLVQVILNGVQRKIGSEDIGMPAFRYDLNDAQIAALTNYVTAQFGNPAAKVTEQDVAKLRSGGPVPLLVRVRPLMLPGAVVVVLIALLGVAFWWRRRQRTPLANPPQGKAGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia cepacia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Twin-arginine translocation pathway signal
分子量 formula_weight	13053.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DNPGTAPLDTFMTLSESLTGKKGLSRVIGERLLQALQKGSFKTADSLPQLAGALASGSLTPEQESLALTILEAWYLGIVDNVVITYEEALMFGVVSDTLVIRSYCPNKPGFWADKPIERQA

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia cepacia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	204.015 Å
晶胞边长 b length_b	71.797 Å
晶胞边长 c length_c	114.221 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.880 Å
R 因子 r_factor	0.2778
R_work r_work	0.2753
R_free r_free	0.3234

fit	/app/data/saxs_computation/hd/8hdd/8hdd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/8hdd/8hdd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/8hdd/8hdd.dat

Complex structure of catalytic, small, and a partial electron transfer subunits from Burkholderia cepacia FAD glucose dehydrogenase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)