8hdw

Cyanophage Pam3 Sheath-tube

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 196.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hdw
沉积日期 deposition_date	2022-11-06
结构标题 title	Cyanophage Pam3 Sheath-tube
关键词 keywords	Sheath-tube, VIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.42 Å
零角强度 I(0) i0	8360580000.00
分子量 molecular_weight	774450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	968880 Å³
包络体积 envelope_volume	1466600 Å³
水化壳体积 shell_volume	185840 Å³
包络直径 envelope_diameter	189.9 Å
壳层 Rg shell_rg	73.38 Å
包络 Rg envelope_rg	59.49 Å
形状 Rg shape_rg	61.44 Å
总 Rg total_rg	61.58 Å
总原子数 total_atoms	54552
残基数 n_residues	7140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.1 Å
Rg (实空间) rg_real	61.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5440e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8372000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8632
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	78.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.087
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1128000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.666

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	pam3 tube
分子量 formula_weight	15293.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,Y,Z,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x,y,z
原子数 atom_count	54552

MAMKAYSMLNVTATLDGRRVIGLMDGDDAITTSPGVDVGTMLVGADGSWLFSQTADKSATVVIKLKPNSPTHRQLTEKWMAQRAGRLVGFPFDFIDSASNEGGTGAEFFIQKAPDDSKGNNAVVREWTIVTGEWTPTIPTLL

Entity 2 polymer

描述 description	Pam3 sheath protein
分子量 formula_weight	41915.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

MAKLPYSRVTNVTLTRTDNFPTRRGFGTQLILTHTAVSGQVDATKRTKLYASLAEVEADYPANTSVYKAALSAFSQNPRPIRLKVGYAATPTGGDDAAKKADFITSLGAILNYDQAFYQITLDAALRDQPYLDGLVEWVEAQPKIAMIDSNAAGHEDPANTTVIAARHKGTVERTAVFYHTDSTEYLAASMAAYMSTRVFDDANSAYTLKFKKAPGVRAIDKGSAVVTAITGFVEQTGQSESAGHCANTLIDIGDQEFLVEGSTLTQNVFLDEIHATDWIIARTEEEMLSLFLNNDRVPFTDQGMQQLASVPRAIMQLAARAGIVALDLNPLTGAYEPAYTITVPSVFDIPESQRKARIAPAIQVRFRYAGAVHYSVINYTMTF

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	226730

fit	/app/data/saxs_computation/hd/8hdw/8hdw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/8hdw/8hdw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/8hdw/8hdw.dat

Cyanophage Pam3 Sheath-tube

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)