8hee

Pentamer of FMDV (A/TUR/14/98)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 170.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hee
沉积日期 deposition_date	2022-11-08
结构标题 title	Pentamer of FMDV (A/TUR/14/98)
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.60 Å
零角强度 I(0) i0	1328000000.00
分子量 molecular_weight	310100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	389500 Å³
包络体积 envelope_volume	518980 Å³
水化壳体积 shell_volume	78551 Å³
包络直径 envelope_diameter	169.5 Å
壳层 Rg shell_rg	57.85 Å
包络 Rg envelope_rg	53.04 Å
形状 Rg shape_rg	53.58 Å
总 Rg total_rg	53.76 Å
总原子数 total_atoms	21905
残基数 n_residues	2775
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	170.0 Å
Rg (实空间) rg_real	53.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1328000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8525
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.673
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.167

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	VP1 of capsid protein
分子量 formula_weight	23111.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,E,F,G
原子数 atom_count	21905

TTSAGESADPVTTTVENYGGETQVQRRHHTDVGFIMDRFVKINNTNPTHVIDLMQTHQHGLVGALLRAATYYFSDLEIVVRHEGNLTWVPNGAPEAALSNAGNPTAYNKAPFTRLALPYTAPHRVLATVYNGTSKYSTTGERTRGDLGALAARVATQLPASFNFGAIRATDISELLVRMKRAELYCPRPLLAVEVTAQDRHKQKIIAPAKQ

Entity 2 polymer

描述 description	VP2 of capsid protein
分子量 formula_weight	24575.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,I,J,K

DKKTEETTLLEDRTLTTRNGHTTSTTQSSVGVTYGYSTGEDHVSGPNTSGLETRVTQAERFFKKHLFNWTTDKPFGHLEKLKLPTDHKGVYGHLVDSFAYMRNGWDVEVSAVGNQFNGGCLLVAMVPEWKKFTPREKYQLTLFPHQFISPRTNMTAHITVPYLGVNRYDQYKKHKPWTLVVMVVSPLTTSSIGATEIKVYANIAPTHVHVAGELPSKE

Entity 3 polymer

描述 description	VP3 of capsid protein
分子量 formula_weight	24284.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,L,M,N,O

GIVPVACSDGYGGLVTTDPKTADPVYGKVYNPPRTNYPGRFTNLLDVAEACPTFLCFDDGKPYVVTREDEQRLLAKFDVSLAAKHMSNTYLSGIAQYYAQYSGTINLHFMFTGSTDSKARYMVAYVPPGVETPPDTPERAAHCIHAEWDTGLNSKFTFSIPYVSAADYAYTASDVAETTNVQGWVCIYQITHGKAQNDTLVVSVSAGKDFELRLPIDPRTQ

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192654

fit	/app/data/saxs_computation/he/8hee/8hee.fit
pddf	/app/data/pr_computation/he/8hee/8hee.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/he/8hee/8hee.dat

Pentamer of FMDV (A/TUR/14/98)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)