8hev

C12 portal in HCMV B-capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 163.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hev
沉积日期 deposition_date	2022-11-08
结构标题 title	C12 portal in HCMV B-capsid
关键词 keywords	B-capsid, portal, in-situ structure, VIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.43 Å
零角强度 I(0) i0	4638770000.00
分子量 molecular_weight	585990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	738500 Å³
包络体积 envelope_volume	1150900 Å³
水化壳体积 shell_volume	160070 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.6 Å
壳层 Rg shell_rg	69.01 Å
包络 Rg envelope_rg	53.16 Å
形状 Rg shape_rg	55.42 Å
总 Rg total_rg	55.78 Å
总原子数 total_atoms	41364
残基数 n_residues	5184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.4 Å
Rg (实空间) rg_real	55.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6390e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4645000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8723
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	87.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.134
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2578000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.642

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	78634.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A,B,C,U,G,J,L,V,I,K,M
原子数 atom_count	41364

MERNHWNEKSSGAKRSRERDLTLSTIRSILAADERLRIKASSYLGVGRGVDDEAVIDIFPTGQTMSFLRLLHGFLGTCRGQSMHQVLRDPCVLRKQLLYGVCKTLFDTITVRRVAEEWKLHAALFPYRALDEEDLEQYLLVWSASLRQSVQTGVLGALRDILYQYADNDDYGLYVDWCVTVGLVPLLDVKTKPSEAAERAQFVRAAVQRATETHPLAQDLLQANLALLLQVAERLGAVRVANAPEVRVFKKVRSERLEAQLRGKHIRLYVAAEPLAYERDKLLFTTPVAHLHEEILRYDGLCRHQKICQLLNTFPVKVVTASRHELNCKKLVEMMEQHDRGSDAKKSIMKFLLNVSDSKSRIGIEDSVESFLQDLTPSLVDQNRLLPARGPGGPGVVGPGGAVVGGPAGHVGLLPPPPGPAAPERDIRDLFKKQVIKCLEEQIQSQVDEIQDLRTLNQTWENRVRELRDLLTRYASRREDSMSLGARDAELYHLPVLEAVRKARDAAPFRPLAVEDNRLVANSFFSQFVPGTESLERFLTQLWENEYFRTFRLRRLVTHQGAEEAIVYSNYTVERVTLPYLCHILALGTLDPVPEAYLQLSFGEIVAAAYDDSKFCRYVELICSREKARRRQMSREAAGGVPERGTASSGGPGTLERSAPRRLITADEERRGPERVGRFRNGGPDDPRRAGGPYGFH

Entity 2 polymer

描述 description	Unknown peptide
分子量 formula_weight	1294.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,D,E,F,W,N,P,S,X,O,Q,T

XXXXXXXXXXXXXXX

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	18426

fit	/app/data/saxs_computation/he/8hev/8hev.fit
pddf	/app/data/pr_computation/he/8hev/8hev.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/he/8hev/8hev.dat

C12 portal in HCMV B-capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)