SAXSdb — 8hf1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hf1
沉积日期 deposition_date	2022-11-09
最后修订 last_revision	2023-09-06
结构标题 title	DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state
关键词 keywords	Ribonuclease, DOUBLE STRANDED RNA, RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.44 Å
零角强度 I(0) i0	5086680000.00
分子量 molecular_weight	603430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	755360 Å³
包络体积 envelope_volume	1162400 Å³
水化壳体积 shell_volume	142800 Å³
包络直径 envelope_diameter	251.6 Å
壳层 Rg shell_rg	66.28 Å
包络 Rg envelope_rg	68.99 Å
形状 Rg shape_rg	69.48 Å
总 Rg total_rg	69.22 Å
总原子数 total_atoms	42379
残基数 n_residues	5135
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	227.0 Å
Rg (实空间) rg_real	68.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0920e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5077000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8480
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	69.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.486
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.204
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0123
最高正则化参数 α highest_alpha	443300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.397

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Dicer-2, isoform A
分子量 formula_weight	197875.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.1,3.1.26.-,3.1.26.3,3.6.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	42379

EDVEIKPRGYQLRLVDHLTKSNGIVYLPTGSGKTFVAILVLKRFSQDFDKPIESGGKRALFMCNTVELARQQAMAVRRCTNFKVGFYVGEQGVDDWTRGMWSDEIKKNQVLVGTAQVFLDMVTQTYVALSSLSVVIIDECHHGTGHHPFREFMRLFTIANQTKLPRVVGLTGVLIKGNEITNVATKLKELEITYRGNIITVSDTKEMENVMLYATKPTEVMVSFPHQEQVLTVTRLISAEIEKFYVSLDLMNIGVQPIRRSKSLQCLRDPSKKSFVKQLFNDFLYQMKEYGIYAASIAIISLIVEFDIKRRQAETLSVKLMHRTALTLCEKIRHLLVQKLQDMTYDDDDDNVNTEEVIMNFSTPKVQRFLMSLKVSFADKDPKDICCLVFVERRYTCKCIYGLLLNYIQSTPELRNVLTPQFMVGRNNISPDFESVLERKWQKSAIQQFRDGNANLMICSSVLEEGIDVQACNHVFILDPVKTFNMYVQSKGRARTTEAKFVLFTADKEREKTIQQIYQYRKAHNDIAEYLKDRVLEKTEPELYEIKGHFQDDIDPFTNENGAVLLPNNALAILHRYCQTIPTDAFGFVIPWFHVLQEDERDRIFGVSAKGKHVISINMPVNCMLRDTIYSDPMDNVKTAKISAAFKACKVLYSLGELNERFVPKTLKERVASIADVHFEHWNKYGDSVTATVNKADKSKDRTYKTECPLEFYDALPRVGEICYAYEIFLEPQFESCEYTEHMYLNLQTPRNYAILLRNKLPRLAEMPLFSNQGKLHVRVANAPLEVIIQNSEQLELLHQFHGMVFRDILKIWHPFFVLDRRSKENSYLVVPLILGAGEQKCFDWELMTNFRRLPQSHGSNVQQREQQPAPRPEDFEGKIVTQWYANYDKPMLVTKVHRELTPLSYMEKNQQDKTYYEFTMSKYGNRIGDVVHKDKFMIEVRDLTEQLTFYVHNRGKFNAKSKAKMKVILIPELCFNFNFPGDLWLKLIFLPSILNRMYFLLHAEALRKRFNTYLNLHLLPFNGTDYMPRPLEIDYSLKRNVDPLGNVIPTEDIEEPKSLLEPMPTKSIEASVANLEITEFENPWQKYMEPVDLSRNLLSTYPVELDYYYHFSVGNVCEMNEMDFEDKEYWAKNQFHMPTGNIYGNRTPAKTNANVPALMPSKPTVRGKVKPLLILQKTVSKEHITPAEQGEFLAAITASSAADVFDMERLEILGNSFLKLSATLYLASKYSDWNEGTLTEVKSKLVSNRNLLFCLIDADIPKTLNTIQFTPRYTWLPPGISLPHNVLALWRENPEFAKIIGPHNLRDLALGDEESLVKGNCSDINYNRFVEGCRANGQSFYAGADFSSEVNFCVGLVTIPNKVIADTLEALLGVIVKNYGLQHAFKMLEYFKICRADIDKPLTQLLNLELGGKKMRANVNTTEIDGFLINHYYLEKNLGYTFKDRRYLLQALTHPSYPTNRITGSYQELEFIGNAILDFLISAYIFENNTKMNPGALTDLRSALVNNTTLACICVRHRLHFFILAENAKLSEIISKFVNFQESQGHRVTNYVRILLEEADVQPTPLDLDDELDMTELPHANKCISQEAEKGVPPKGEFNMSTNVDVPKALGDVLEALIAAVYLDCRDLQRTWEVIFNLFEPELQEFTRKVPINHIRQLVEHKHAKPVFSSPIVEGETVMVSCQFTCMEKTIKVYGFGSNKDQAKLSAAKHALQQLSKCDA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Loquacious, isoform D
分子量 formula_weight	2033.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IDRYEQVSKDFEFIKI

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	LD06392p
分子量 formula_weight	14706.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

MEESMEELEALRRKKFTTYWELKEAGSVDHTGMRLCDRHNYFKNFYPTLKKEAIEAINSDEYESSKDKAMDVMSSLKITPKISEVESSSLVPLLSVELNCAFDVVLMAKETDIYDHIIDYFRTMLI

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PGPAPGPAPCPUPUPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	2911.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,J,L

GAGACUUGG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPCPAPAPGPUPCPUPCPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	3404.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H,K,M

CCAAGUCUCUU

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	8hf1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Dicer dimerisation domain

结构域编号 domain_id	8hf1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — paz domain

结构域编号 domain_id	8hf1D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Dicer dimerisation domain

结构域编号 domain_id	8hf1D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — paz domain

结构域编号 domain_id	8hf1G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Dicer dimerisation domain

结构域编号 domain_id	8hf1G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — paz domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	46899

fit	/app/data/saxs_computation/hf/8hf1/8hf1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hf/8hf1/8hf1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hf/8hf1/8hf1.dat

DmDcr-2/R2D2/LoqsPD with 19bp-dsRNA in Trimer state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)