SAXSdb — 8hg5

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hg5
沉积日期 deposition_date	2022-11-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of the prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp)from Ostreococcus tauri
关键词 keywords	Complex, Electron transport, Light-harvesting, Photosynthesis; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.79 Å
零角强度 I(0) i0	106144000.00
分子量 molecular_weight	108680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	145980 Å³
包络体积 envelope_volume	164880 Å³
水化壳体积 shell_volume	44659 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.07 Å
包络 Rg envelope_rg	30.61 Å
形状 Rg shape_rg	29.75 Å
总 Rg total_rg	30.89 Å
总原子数 total_atoms	7794
残基数 n_residues	626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	106200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8669
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.207
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5364000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.968

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	24689.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R
原子数 atom_count	7794

MSALLASSFVSRVAAFKAQKVQNKSVSTTVKADIYPEFGTYPGGGESPIIPFGSEKNAEREVIHGRWAMLGVTGAWAAENGTGIPWFTAGTLCTPDDCTAVADKFPGAVAPLAPEGSGYPSFWNVLIIEIVLVGAAEAYRTGISDSPFDDGLTVGDVNPGGRFDPLGLAESGDLEELKIKELKHCRLSMFAWLGCIFQALATQEGPIANWQSHVADPVHSNVLTNAAKGFGFY

来源 Source

来源生物 organism	Ostreococcus tauri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70448
宿主生物 host_organism	Ostreococcus tauri

Entity 2 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	24161.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

XRRTKASVPAKRSAFKANKFGSLAPPDLYPEFGTYPGGGESPVIPFGSEKNAEREIIHGRWAMLGVTGAWAAENGTGIPWFTAGTLCTPDDCTAVADKFPGAVAPLAPAGSGYPNFWAVLAIEIFLVGSAECYRTGLFENPFPELTQGDVTPGGRFDPLGFAEAGDLEELKIKELKHSRLAMFAWLGCIMQALATQEGPIANWTAHVADPIHANVLTNAAKGFKFY

来源 Source

来源生物 organism	Ostreococcus tauri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70448
宿主生物 host_organism	Ostreococcus tauri

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 5 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	;(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	570.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 7 non-polymer

描述 description	;(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	;(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8hg5Q01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chlorophyll a/b binding protein domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	80573

fit	/app/data/saxs_computation/hg/8hg5/8hg5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hg/8hg5/8hg5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hg/8hg5/8hg5.dat

Cryo-EM structure of the prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp)from Ostreococcus tauri

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)