SAXSdb — 8hi1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hi1
沉积日期 deposition_date	2022-11-18
结构标题 title	Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
关键词 keywords	CRISPR, cas, adaptation, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.08 Å
零角强度 I(0) i0	399801000.00
分子量 molecular_weight	155040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	190540 Å³
包络体积 envelope_volume	272580 Å³
水化壳体积 shell_volume	55037 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.11 Å
包络 Rg envelope_rg	41.62 Å
形状 Rg shape_rg	42.07 Å
总 Rg total_rg	42.32 Å
总原子数 total_atoms	20998
残基数 n_residues	1291
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	399700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8667
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.580
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.818

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	35549.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20998

GASGSMVEKNGAKKTSLRELPKISDRVSFIYVEHAKINRVDSAITVLDSRGTVRIPAAMIGVLLLGPGTDISHRAVELIGDTGTSMVWVGERGVRQYAHGRSLAHSTKFLEKQAKLVSNSRLRLAVARKMYQMRFPDEDVSAMTMQQLRGREGARVRRVYRLQSEKYQVSWTKREYNPDDFEGGDIVNQALSAANVALYGLVHSIVIALGASPGLGFVHTGHDLSFIYDIADLYKAELTIPLAFEIAANFTEIDDIGKIARQKVRDSFVDGKLIVRIVQDIQYLFDLDDDEELLVDTLSLWDDKDMLVKHGVSYKEEL

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子量 formula_weight	13940.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MPFTVVTLKSVPPSLRGDLTKWMQEIAIGVYVGNFNSRIREKLWNRIQANVGEGEATISYYYRNEIGYQFDMINSQKSVVDFDGIPLVLIPNSKTSSENYPKLGYSNAAKSRKIKRYSSYRG

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus thermophilus DGCC 7710
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1268061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	11741.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AAACACCAGAACGAGTAGTAAATTGATGTTGTCTTGCT

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	11708.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

ATTTACTACTCGTTCTGGTGTTTTTGTGTTTAATGATG

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8hi1C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8hi1D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	920 — CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8hi1E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	8hi1F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	188628

fit	/app/data/saxs_computation/hi/8hi1/8hi1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/8hi1/8hi1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/8hi1/8hi1.dat

Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)