8hj8

Crystal structure of barley exohydrolase isoform ExoI E220A mutant in complex with 2-deoxy-2-fluoro-D-glucopyranosides

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hj8
沉积日期 deposition_date	2022-11-22
结构标题 title	Crystal structure of barley exohydrolase isoform ExoI E220A mutant in complex with 2-deoxy-2-fluoro-D-glucopyranosides
关键词 keywords	Barley exohydrolaseI, Hydrolase, enzyme function; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.02 Å
零角强度 I(0) i0	75185600.00
分子量 molecular_weight	67595.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84386 Å³
包络体积 envelope_volume	96384 Å³
水化壳体积 shell_volume	31724 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.84 Å
包络 Rg envelope_rg	25.60 Å
形状 Rg shape_rg	25.01 Å
总 Rg total_rg	25.82 Å
总原子数 total_atoms	4740
残基数 n_residues	606
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.3 Å
Rg (实空间) rg_real	25.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8538
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.042
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Glyco_hydro_3 domain-containing protein
分子量 formula_weight	65836.0 kDa
突变 mutation	E220A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5400

HHAADYVLYKDATKPVEDRVADLLGRMTLAEKIGQMTQIERLVATPDVLRDNFIGSLLSGGGSVPRKGATAKEWQDMVDGFQKACMSTRLGIPMIYGIDAVHGQNNVYGATIFPHNVGLGATRDPYLVKRIGEATALEVRATGIQYAFAPCIAVCRDPRWGRCYESYSEDRRIVQSMTELIPGLQGDVPKDFTSGMPFVAGKNKVAACAKHFVGDGGTVDGINANNTIINREGLMNIHMPAYKNAMDKGVSTVMISYSSWNGVKMHANQDLVTGYLKDTLKFKGFVISDWEGIDRITTPAGSDYSYSVKASILAGLDMIMVPNKYQQFISILTGHVNGGVIPMSRIDDAVTRILRVKFTMGLFENPYADPAMAEQLGKQEHRDLAREAARKSLVLLKNGKTSTDAPLLPLPKKAPKILVAGSHADNLGYQCGGWTIEWQGDTGRTTVGTTILEAVKAAVDPSTVVVFAENPDAEFVKSGGFSYAIVAVGEHPYTETKGDNLNLTIPEPGLSTVQAVCGGVRCATVLISGRPVVVQPLLAASDALVAAWLPGSEGQGVTDALFGDFGFTGRLPRTWFKSVDQLPMNVGDAHYDPLFRLGYGLTTNATKKY

来源 Source

来源生物 organism	Hordeum vulgare
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4513
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	182.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	182.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	629

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.500 Å
晶胞边长 b length_b	100.500 Å
晶胞边长 c length_c	182.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	88.060 Å
R 因子 r_factor	0.1457
R_work r_work	0.1437
R_free r_free	0.1841

fit	/app/data/saxs_computation/hj/8hj8/8hj8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/8hj8/8hj8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/8hj8/8hj8.dat