8hju

Cryo-EM structure of native RC-LH complex from Roseiflexus castenholzii at 10,000 lux

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 132.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hju
沉积日期 deposition_date	2022-11-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of native RC-LH complex from Roseiflexus castenholzii at 10,000 lux
关键词 keywords	RC-LH core complex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.73 Å
零角强度 I(0) i0	925136000.00
分子量 molecular_weight	335320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	451630 Å³
包络体积 envelope_volume	538710 Å³
水化壳体积 shell_volume	96868 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.7 Å
壳层 Rg shell_rg	53.00 Å
包络 Rg envelope_rg	43.12 Å
形状 Rg shape_rg	43.74 Å
总 Rg total_rg	44.16 Å
总原子数 total_atoms	23917
残基数 n_residues	2330
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.2 Å
Rg (实空间) rg_real	44.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	925500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8872
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.084
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	95900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.775

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta subunit of light-harvesting 1
分子量 formula_weight	6431.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,2,4,6,8,B,E,G,I,K,O,Q,S,U,W
原子数 atom_count	23917

MTDKPQNDLVPDQWKPLFNNAQWLVHDIVVKTIYGGLIIAVIAHVLCWAWTPWIR

Entity 2 polymer

描述 description	Alpha subunit of light-harvesting 1
分子量 formula_weight	4724.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,9,A,D,F,H,J,N,P,R,T,V

MKDRPFEFRTSVVVSTLLGLVMALLIHFVVLSSGAFNWLRAP

Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	34844.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSAVPRALPLPSGETLPAEAISSTGSQAASAEVIPFSIIEEFYKRPGKTLAARFFGVDPFDFWIGRFYVGLFGAISIIGIILGVAFYLYEGVVNEGTLNILAMRIEPPPVSQGLNVDPAQPGFFWFLTMVAATIAFVGWLLRQIDISLKLDMGMEVPIAFGAVVSSWITLQWLRPIAMGAWGHGFPLGITHHLDWVSNIGYQYYNFFYNPFHAIGITLLFASTLFLHMHGSAVLSEAKRNISDQNIHVFWRNILGYSIGEIGIHRVAFWTGAASVLFSNLCIFLSGTFVKDWNAFWGFWDKMPIWNGVGQGALVA

Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	35046.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

PIDLHDEEYRDGLEGTIAKPPGHVGWMQRLLGEGQVGPIYVGLWGVISFITFFASAFIILVDYGRQVGWNPIIYLREFWNLAVYPPPTEYGLSWNVPWDKGGAWLAATFFLHISVLTWWARLYTRAKATGVGTQLAWGFASALSLYFVIYLFHPLALGNWSAAPGHGFRAILDWTNYVSIHWGNFYYNPFHMLSIFFLLGSTLLLAMHGATIVATSKWKSEMEFTEMMAEGPGTQRAQLFWRWVMGWNANSYNIHIWAWWFAAFTAITGAIGLFLSGTLVPDWYAWGETAKIVAPWPNPDWAQYVFR

Entity 5 polymer

描述 description	MULTIHEME_CYTC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
分子量 formula_weight	34923.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MIQQPPTLFPEITNTVRGRFYIVAGIISVVMAVASIAIFWWIFYTITPAPAPPLQNPIYVNYTQEPTDYISAESLAAMNAYIQANPQPQAVQVLKGMTTAQISAYMVAQVSGGLKVDCSYCHNIANFAQQDGYPNAAKKVTARKMMLMSADLNQNYTAKLPASVGGYQITCATCHNGKAAGLEPYPIEIMNTLPNDWRLPLELDYPGGLVVTGRKDVSNHEVEQNQFAMYHMNVSMGQGCTFCHNARYFPSYEIAQKNHSIIMLQMTKHIQETYVAPGGRIADGIMAGKSPSCWLCHQGANIPPGAAKPGQVPAVLSSTP

Entity 6 polymer

描述 description	SUBUNIT X
分子量 formula_weight	3628.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAPFLMAFFTIVLIVATLYFLSMIMSGKPESR

Entity 7 polymer

描述 description	SUBUNIT Y
分子量 formula_weight	4493.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MNWIVATFMLMFVLVAFLPLVVSLAYTWVTNPETQSTEE

Entity 8 polymer

描述 description	SUBUNIT Z
分子量 formula_weight	6927.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MDFLILLQAEPSPWPVWSGYALCFVPLAAVILGFIIAARFTDKQATSAYLRLDPAKANEPEQG

Entity 9 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 10 non-polymer

描述 description	beta,psi-caroten-4-one
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

Entity 11 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 12 non-polymer

描述 description	;2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39,43-undecamethyltetratetraconta-2,6,10,1 4,18,22,26,30,34,38,42-undecaen-1-yl]naphthalene-1,4-dione ;
分子量 formula_weight	921.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 13 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 14 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 16 non-polymer

描述 description	DIACYL GLYCEROL
分子量 formula_weight	625.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	372029

fit	/app/data/saxs_computation/hj/8hju/8hju.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/8hju/8hju.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/8hju/8hju.dat

Cryo-EM structure of native RC-LH complex from Roseiflexus castenholzii at 10,000 lux

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)