SAXSdb — 8hlv

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hlv
沉积日期 deposition_date	2022-12-01
结构标题 title	Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans
关键词 keywords	light-harvesting complexes, siphonaxanthin, siphonein, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.83 Å
零角强度 I(0) i0	274379000.00
分子量 molecular_weight	105820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111910 Å³
包络体积 envelope_volume	161330 Å³
水化壳体积 shell_volume	45461 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.38 Å
包络 Rg envelope_rg	27.99 Å
形状 Rg shape_rg	27.77 Å
总 Rg total_rg	28.69 Å
总原子数 total_atoms	8136
残基数 n_residues	669
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	274400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9043
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.025
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.502
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.918

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
分子量 formula_weight	26696.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8136

MASAMIAQTVVGAQAARATKQVTRAAVEFYGPDRALWLGPYSEGAVPSYLTGEFPGDYGWDSAGLSADPETFAANRELELIHARWAMLGTVGCLTPEALEKYGGVEFGEAVWFKAGSQIFAEGGLDYLGNPSLVHAQSILAICWTQVVLMGLAEGYRCSGGPLGEATDPLYPGEAFDPMGMADDPETFAELKTKEIKNGRLAMFAMFGFFVQSLQTGKGPVECWAEHIADPVANNGFVYATKFFGAQIF

Entity 2 non-polymer

描述 description	Siphonein
分子量 formula_weight	781.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	Siphonaxanthin
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8hlvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chlorophyll a/b binding protein domain

结构域编号 domain_id	8hlvB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chlorophyll a/b binding protein domain

结构域编号 domain_id	8hlvC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chlorophyll a/b binding protein domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.55 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	614955

fit	/app/data/saxs_computation/hl/8hlv/8hlv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hl/8hlv/8hlv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hl/8hlv/8hlv.dat

Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution