8hnz

Crystal structure of cytochrome P450 NasF5053 mutant E73S complexed with 6FCWP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hnz
沉积日期 deposition_date	2022-12-09
结构标题 title	Crystal structure of cytochrome P450 NasF5053 mutant E73S complexed with 6FCWP
关键词 keywords	P450, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.41 Å
零角强度 I(0) i0	33407200.00
分子量 molecular_weight	43849.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54560 Å³
包络体积 envelope_volume	62688 Å³
水化壳体积 shell_volume	24886 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.5 Å
壳层 Rg shell_rg	27.84 Å
包络 Rg envelope_rg	20.62 Å
形状 Rg shape_rg	20.40 Å
总 Rg total_rg	21.33 Å
总原子数 total_atoms	3090
残基数 n_residues	390
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8206000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.967

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450-F5053
分子量 formula_weight	43417.0 kDa
突变 mutation	E73S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3471

GSTLTYPFHDWSQELSPRYAQLRASDAPVCPVVSEGTGDPLWLVTRYATAVKLLEDSRFSSEAAQASGAPRQSPVELRAPGTRGDAIAMLREAGLRSVLADGLGPRAVRRHQGWINDLAETLMSELASREGTFDLAADFVEPLSSALVSRTLLGELSADERDLLAHCADTGLRFCGVTHEEQVHAFTQMHEFFLEHARRLAGTPGEHLLKLIAEAPVDQGPLSDEALAEAGSLLVVAGFPTSSGFLCGALLTLLRHPDAVQELHAHPERVPSAVEELLRYTPLSTGSVKRMATEDLEIDGVRIKAGEVVMVSLEAVNHDPDAFEDPDVFRPGREGPMHFGFGRGRHFCPGNRLARCVIEATVRAVARRPGLRLAVAPEEISWHEGLFFRRPRAIPATW

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces sp. NRRL F-5053
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1463854
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(3~{S},8~{a}~{S})-3-[(5-fluoranyl-1~{H}-indol-3-yl)methyl]-2,3,6,7,8,8~{a}-hexahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-1,4-dione
分子量 formula_weight	301.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8hnzA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	91.475 Å
晶胞边长 b length_b	106.834 Å
晶胞边长 c length_c	42.342 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	36.160 Å
R 因子 r_factor	0.1877
R_work r_work	0.1865
R_free r_free	0.2106

fit	/app/data/saxs_computation/hn/8hnz/8hnz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hn/8hnz/8hnz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hn/8hnz/8hnz.dat