SAXSdb — 8hpa

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hpa
沉积日期 deposition_date	2022-12-12
结构标题 title	Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex in a DNA binding form
关键词 keywords	;Monkeypox virus, DNA replication holoenzyme, DNA replication machinery, F8, A22, E4, DNA polymerase, B-family DNA polymerase, uracil-DNA glycosylase, MPXV, orthopoxvirus, poxviridae, F8-A22-E4 complex, DNA processivity factor, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.30 Å
零角强度 I(0) i0	615210000.00
分子量 molecular_weight	201160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	250750 Å³
包络体积 envelope_volume	360500 Å³
水化壳体积 shell_volume	71429 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.1 Å
壳层 Rg shell_rg	48.07 Å
包络 Rg envelope_rg	40.16 Å
形状 Rg shape_rg	41.29 Å
总 Rg total_rg	41.66 Å
总原子数 total_atoms	14122
残基数 n_residues	1681
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.5 Å
Rg (实空间) rg_real	41.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	615300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8847
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.382
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	62140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.898

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	120041.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14122

MHHHHHHHHDYDIPTTENLYFQGMDVRCINWFESHGENRFLYLKSRCRNGETVFIRFPHYFYYVVTDEIYQSLSPPPFNARPMGKMRTIDIDETISYNLDIKDRKCSVADMWLIEEPKKRSIQNATMDEFFNISWFYISNGISPDGCYSLDEQYLTKINNGCYHCDDPRNCFAKEIPRFDIPRSYLFLDIECHFDKKFPSVFINPISHTSYCYIDLSGKRLLFTLINEEMLTEQEIQEAVDRGCLRIQSLMEMDYERELVLCSEIVLLRIAKQLLELTFDYVVTFNGHNFDLRYITNRLELLTGEKIIFRSPDKKEAVHLCIYERNQSSHKGVCGMANTTFHVNNNNGTIFFDLYSFIQKSEKLDSYKLDSISKNAFSCMGKVLNRGVREMTFIGDDTTDAKGKADTFAKVLTTGNYVTVDEDIICKVIRKDILENGFKVVLSCPTLPNDIYKLSFGKDDIDLAQMYKDYNLNIALDMARYCIHDACLCQYLWEYYGVETKTDAGAATYVLPQSMVFEYRASTIIKGPLLKLLLETKTILVRSETKQKFPYEGGKVFAPKQKMFSNNVLIFDYNSLYPNVCIFGNLSPETLVGVVVSTNRLEEEINNQLLLQKYPPPRYITVHCEPRLPNLISEIAIFDRSIEGTIPRLLRTFLAERARYKKMLKQATSSTEKAIYDSMQYTYKIVANSVYGLMGFRNSALYSYASAKSCTSIGRRMILYLESVLNGAELSNGMLRFANTLSNPFYMDDRDINPIVKTSLPIDYRFRFRSVYGDTDSVFTEIDSQDVDKSIEIAKELERLINSRVLFNNFKIEFEAVYKNLIMQSKKKYTTMKYSASSNSKSVPERINKGTSETRRDVSKFHKNMIKTYKTRLSEMLSEGRMNSNQVCIDILRSLETDLRSEFDSRSSPLELFMLSRMHHSNYKSADNPNMYLVTEYNKNNPETIELGERYYFAYICPANVPWTKKLVNIKTYETIIDRSFKLGSNQRIFYEVYFKRLTSEIVNLLDNKVLCISFFQRMFGSRPTFYEA

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Insect expression vector pBlueBachsGCA1

Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase processivity factor component A20
分子量 formula_weight	49203.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTSSADLTNLKELLSLYKSLRFSDSVAIEKYNSLVEWGTSTYWKIGVQKVTNVETSISDYYDEVKNKPFNIDPGYYIFLPVYFGSVFIYSKGKNMVELGSGNSFQIPDEIRSACNKVLDSDNGIDFLRFVLLNNRWIMEDAISKYQSPVNIFKLASEYGLNIPNYLEIEIEEDTLFDDELYSIMERSFDDTFPKISISYIKLGELKRQVVDFFKFSFMYIESIKVDRIGDNIFIPSVITKSGKKILVKDVDHLIRSKVREHTFVKVKKKNTFSILYDYDGNGTETRGEVIKRIIDTIGRDYYVNGKYFSKVGIAGLKQLTNKLDINECATVDELVDEINKSGTVKRKIKNQSVFDLSRECLGYPEADFITLVNNMRFKIENCKVVNFNIENTNCLNNPSIETIYGNFNQFVSIFNTVTDVKKRLFE

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Insect expression vector pBlueBachsGCA1

Entity 3 polymer

描述 description	E4R
分子量 formula_weight	27883.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHDYDIPTTENLYFQGASMNSVTISHAPYTITYHDDWEPVMSQLVEFYNEVASWLLRDETSPIPDKFFIQLKQPLRNKRVCVCGIDPYPKDGTGVPFESPNFTKKSIKEIASSISRLTGVIDYKGYNLNIIDGVIPWNYYLSCKLGETKSHAIYWDKISKLLLQHITKHVSVLYCLGKTDFSNIRAKLESPVTTIVGYHPAARDHQFEKDRSFEIINVLLELDNKTPINWAQGFIY

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Insect expression vector pBlueBachsGCA1

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPGPGPTPAPGPGPGPGPAPAPGPGPAPTPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	8148.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ATGGTAGGGGAAGGATCGTATGGCCT

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPAPTPCPCPTPTPCPCPCPCPTPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6921.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGGCCATACGATCCTTCCCCTAC

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.01 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72237

fit	/app/data/saxs_computation/hp/8hpa/8hpa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hp/8hpa/8hpa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hp/8hpa/8hpa.dat

Monkeypox virus DNA replication holoenzyme F8, A22 and E4 complex in a DNA binding form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)