8hpd

Bry-LHCII heterotrimer of Bryopsis corticulans

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 84.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hpd
沉积日期 deposition_date	2022-12-12
结构标题 title	Bry-LHCII heterotrimer of Bryopsis corticulans
关键词 keywords	Light-harvesting complexes, siphonaxanthin, siphonein, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.19 Å
零角强度 I(0) i0	267537000.00
分子量 molecular_weight	103490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109040 Å³
包络体积 envelope_volume	161250 Å³
水化壳体积 shell_volume	45066 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.9 Å
壳层 Rg shell_rg	37.52 Å
包络 Rg envelope_rg	28.22 Å
形状 Rg shape_rg	28.14 Å
总 Rg total_rg	29.02 Å
总原子数 total_atoms	7949
残基数 n_residues	651
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.9 Å
Rg (实空间) rg_real	29.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	267600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9061
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.010
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.526
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.909

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
分子量 formula_weight	26696.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7949

MASAMIAQTVVGAQAARATKQVTRAAVEFYGPDRALWLGPYSEGAVPSYLTGEFPGDYGWDSAGLSADPETFAANRELELIHARWAMLGTVGCLTPEALEKYGGVEFGEAVWFKAGSQIFAEGGLDYLGNPSLVHAQSILAICWTQVVLMGLAEGYRCSGGPLGEATDPLYPGEAFDPMGMADDPETFAELKTKEIKNGRLAMFAMFGFFVQSLQTGKGPVECWAEHIADPVANNGFVYATKFFGAQIF

Entity 2 polymer

描述 description	siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb3
分子量 formula_weight	27273.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MASTSFVSSGVKTLVPQGKVNKQVTRAAVEWYGPNRAKWLGPYSEGAVPSYLTGEFAGDYGWDTAGLSADPQTFASFREAELMHARWAMMGVVGCLTPEALSKYGGVEFGEAVWFKAGAQIFSEGGLDYLGNPTLVHAQSILAIVWIQAVLMGLCEGYRVAGGPLGEDPGDAMYPGGSFDPMGMADDPDTFAELKIKEIKNGRLAMFAMTGFFVQAIQTGKGPVECWAEHIANPFTNNGFVYATKFFGVNYFM

Entity 3 polymer

描述 description	siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb2
分子量 formula_weight	27946.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MASALASKTFVGVQKPSVSTQQSKQVTRAAVEWYGPGRELWLGPYSSGAVPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPESFRRYREIELIHARWAMMGTVGCLTPEALERYTGATFGESVWFKAGAQIFSDDGLNYLGKPELIHAQSILAIVWTQVLIMGFAEGYRVNGGPAGEGLDRLYPGEAFDPLGLADDPETFAELKIKEIKNGRLAMFAMFGFFVQAIQTGKGPVECWAEHVADPFGSNGFNVDQMSKFLFFSPSA

Entity 4 non-polymer

描述 description	Siphonein
分子量 formula_weight	781.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	Siphonaxanthin
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	;(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8hpdA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3460 — Chlorophyll a-b binding protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chlorophyll a/b binding protein domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.74 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1298053

fit	/app/data/saxs_computation/hp/8hpd/8hpd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hp/8hpd/8hpd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hp/8hpd/8hpd.dat

Bry-LHCII heterotrimer of Bryopsis corticulans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)