8hq8

Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 129.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hq8
沉积日期 deposition_date	2022-12-13
结构标题 title	Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans
关键词 keywords	Light-harvesting complexes, siphonaxanthin, siphonein, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.20 Å
零角强度 I(0) i0	1063730000.00
分子量 molecular_weight	214030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	226110 Å³
包络体积 envelope_volume	348710 Å³
水化壳体积 shell_volume	71601 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.01 Å
包络 Rg envelope_rg	38.97 Å
形状 Rg shape_rg	39.18 Å
总 Rg total_rg	39.56 Å
总原子数 total_atoms	16439
残基数 n_residues	1337
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0640e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1064000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8751
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	124800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.867

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1
分子量 formula_weight	26696.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	16480

MASAMIAQTVVGAQAARATKQVTRAAVEFYGPDRALWLGPYSEGAVPSYLTGEFPGDYGWDSAGLSADPETFAANRELELIHARWAMLGTVGCLTPEALEKYGGVEFGEAVWFKAGSQIFAEGGLDYLGNPSLVHAQSILAICWTQVVLMGLAEGYRCSGGPLGEATDPLYPGEAFDPMGMADDPETFAELKTKEIKNGRLAMFAMFGFFVQSLQTGKGPVECWAEHIADPVANNGFVYATKFFGAQIF

Entity 2 non-polymer

描述 description	Siphonaxanthin
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	Siphonein
分子量 formula_weight	781.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 10 non-polymer

描述 description	TRIMETHYL GLYCINE
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.720 Å
晶胞边长 b length_b	91.610 Å
晶胞边长 c length_c	169.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	39.900 Å
R 因子 r_factor	0.2083
R_work r_work	0.2071
R_free r_free	0.2493

fit	/app/data/saxs_computation/hq/8hq8/8hq8.fit
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profile	/app/data/saxs_computation/hq/8hq8/8hq8.dat