8hr2

Ternary Crystal Complex Structure of RBD with NB1B5 and NB1C6

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hr2
沉积日期 deposition_date	2022-12-14
结构标题 title	Ternary Crystal Complex Structure of RBD with NB1B5 and NB1C6
关键词 keywords	SARS-CoV-2, RBD, nanobody, complex., STRUCTURAL PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.07 Å
零角强度 I(0) i0	41523200.00
分子量 molecular_weight	48323.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59681 Å³
包络体积 envelope_volume	72625 Å³
水化壳体积 shell_volume	24993 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.29 Å
包络 Rg envelope_rg	26.37 Å
形状 Rg shape_rg	26.00 Å
总 Rg total_rg	26.87 Å
总原子数 total_atoms	3402
残基数 n_residues	436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6087
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.554
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.056
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7271000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.089; Positv: 1.000; Valcen: 0.647; Smooth: 0.926

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	24649.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3592

MFVFLVLLPLVSSQCTNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATSRAAADYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	NB1C6
分子量 formula_weight	13994.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLQESGGGSVQAGGRLRLSCAASGDTYSSYCMGWFRQAPGKEREGVAAIYIGGDNTYYADSAKGRFTISQDYDKNTAYLQMNSLKSEDTAMYYCAAELFCPWPDIGTMSPAEYKYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	NB1B5
分子量 formula_weight	13588.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLQESGGGSVQAGGSLRLSCAASGYTYSTYCMGWFRQAPGKEREGVATIDSDGRTRYADSVKGRFTISEDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAMYYCAADSGWVGYSLDPYQYNYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	190

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8hr2B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8hr2C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.522 Å
晶胞边长 b length_b	89.522 Å
晶胞边长 c length_c	125.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	48.850 Å
R 因子 r_factor	0.1923
R_work r_work	0.1908
R_free r_free	0.2221

fit	/app/data/saxs_computation/hr/8hr2/8hr2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/8hr2/8hr2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/8hr2/8hr2.dat

Ternary Crystal Complex Structure of RBD with NB1B5 and NB1C6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)