8hrp

Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum ATCC13032 in complex with NAD and G3P

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 156.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hrp
沉积日期 deposition_date	2022-12-15
最后修订 last_revision	2023-12-06
结构标题 title	Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum ATCC13032 in complex with NAD and G3P
关键词 keywords	Dehydrogenase, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.08 Å
零角强度 I(0) i0	1340400000.00
分子量 molecular_weight	296180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	367340 Å³
包络体积 envelope_volume	463420 Å³
水化壳体积 shell_volume	82438 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.3 Å
壳层 Rg shell_rg	51.73 Å
包络 Rg envelope_rg	45.63 Å
形状 Rg shape_rg	46.09 Å
总 Rg total_rg	46.22 Å
总原子数 total_atoms	20826
残基数 n_residues	2669
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.3 Å
Rg (实空间) rg_real	46.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3400e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1340000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8678
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.425
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.300
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	126600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.829

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
分子量 formula_weight	37157.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	22219

MTIRVGINGFGRIGRNFFRAVLERSDDLEVVAVNDLTDNKTLSTLLKFDSIMGRLGQEVEYDDDSITVGGKRIAVYAERDPKNLDWAAHNVDIVIESTGFFTDANAAKAHIEAGAKKVIISAPASNEDATFVYGVNHESYDPENHNVISGASCTTNCLAPMAKVLNDKFGIENGLMTTVHAYTGDQRLHDAPHRDLRRARAAAVNIVPTSTGAAKAVALVLPELKGKLDGYALRVPVITGSATDLTFNTKSEVTVESINAAIKEAAVGEFGETLAYSEEPLVSTDIVHDSHGSIFDAGLTKVSGNTVKVVSWYDNEWGYTCQLLRLTELVASKLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	196627
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	170.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1393

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.946 Å
晶胞边长 b length_b	119.849 Å
晶胞边长 c length_c	140.632 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	32.860 Å
R 因子 r_factor	0.1657
R_work r_work	0.1639
R_free r_free	0.2006

fit	/app/data/saxs_computation/hr/8hrp/8hrp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/8hrp/8hrp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/8hrp/8hrp.dat