8hrq

;Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum ATCC13032 (L36S/T37K) in complex with NAD ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hrq
沉积日期 deposition_date	2022-12-15
最后修订 last_revision	2023-12-06
结构标题 title	;Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum ATCC13032 (L36S/T37K) in complex with NAD ;
关键词 keywords	Dehydrogenase, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.99 Å
零角强度 I(0) i0	94119400.00
分子量 molecular_weight	74355.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92160 Å³
包络体积 envelope_volume	112780 Å³
水化壳体积 shell_volume	33184 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.55 Å
包络 Rg envelope_rg	27.78 Å
形状 Rg shape_rg	27.99 Å
总 Rg total_rg	28.74 Å
总原子数 total_atoms	5213
残基数 n_residues	670
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	94120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6333
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.571
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.156; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
分子量 formula_weight	37159.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.12
突变 mutation	L36S,T37K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5454

MTIRVGINGFGRIGRNFFRAVLERSDDLEVVAVNDSKDNKTLSTLLKFDSIMGRLGQEVEYDDDSITVGGKRIAVYAERDPKNLDWAAHNVDIVIESTGFFTDANAAKAHIEAGAKKVIISAPASNEDATFVYGVNHESYDPENHNVISGASCTTNCLAPMAKVLNDKFGIENGLMTTVHAYTGDQRLHDAPHRDLRRARAAAVNIVPTSTGAAKAVALVLPELKGKLDGYALRVPVITGSATDLTFNTKSEVTVESINAAIKEAAVGEFGETLAYSEEPLVSTDIVHDSHGSIFDAGLTKVSGNTVKVVSWYDNEWGYTCQLLRLTELVASKLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	196627
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CESIUM ION
分子量 formula_weight	132.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	241

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.710 Å
晶胞边长 b length_b	117.891 Å
晶胞边长 c length_c	77.128 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	26.710 Å
R 因子 r_factor	0.1802
R_work r_work	0.1769
R_free r_free	0.2455

fit	/app/data/saxs_computation/hr/8hrq/8hrq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/8hrq/8hrq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/8hrq/8hrq.dat