8hvr

Cryo-EM structure of AfsR-dependent transcription activation complex with afsS promoter

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 182.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hvr
沉积日期 deposition_date	2022-12-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of AfsR-dependent transcription activation complex with afsS promoter
关键词 keywords	RNA polymerase, SARP regulator, gene regulation, TRANSCRIPTION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.05 Å
零角强度 I(0) i0	3757130000.00
分子量 molecular_weight	484830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	595380 Å³
包络体积 envelope_volume	883430 Å³
水化壳体积 shell_volume	130590 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.68 Å
包络 Rg envelope_rg	54.04 Å
形状 Rg shape_rg	54.05 Å
总 Rg total_rg	54.23 Å
总原子数 total_atoms	33932
残基数 n_residues	4163
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	182.0 Å
Rg (实空间) rg_real	54.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3758000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8726
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0007
最高正则化参数 α highest_alpha	624900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	36734.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,K
原子数 atom_count	33932

MLIAQRPSLTEEVVDEFRSRFVIEPLEPGFGYTLGNSLRRTLLSSIPGAAVTSIRIDGVLHEFTTVPGVKEDVTDLILNIKQLVVSSEHDEPVVMYLRKQGPGLVTAADIAPPAGVEVHNPDLVLATLNGKGKLEMELTVERGRGYVSAVQNKQVGQEIGRIPVDSIYSPVLKVTYKVEATRVEQRTDFDKLIVDVETKQAMRPRDAMASAGKTLVELFGLARELNIDAEGIDMGPSPTDAALAADLALPIEELELTVRSYNCLKREGIHSVGELVARSEADLLDIRNFGAKSIDEVKAKLAGMGLALKDSPPGFDPTAAADAFGADDDADAGFVETEQY

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	128644.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAASRNASTANTNNAASTAPLRISFAKIKEPLEVPNLLALQTESFDWLLGNDAWKARVESALESGQDVPTKSGLEEIFEEISPIEDFSGSMSLTFRDHRFEPPKNSIDECKDRDFTYAAPLFVTAEFTNNETGEIKSQTVFMGDFPLMTNKGTFVINGTERVVVSQLVRSPGVYFDSSIDKTSDKDIFSAKIIPSRGAWLEMEIDKRDMVGVRIDRKRKQSVTVLLKALGWTTEQILEEFGEYESMRATLEKDHTQGQDDALLDIYRKLRPGEPPTREAAQTLLENLYFNPKRYDLAKVGRYKVNKKLGADEPLDAGVLTTDDVIATIKYLVKLHAGETETVGESGREIVVETDDIDHFGNRRIRNVGELIQNQVRTGLARMERVVRERMTTQDVEAITPQTLINIRPVVASIKEFFGTSQLSQFMDQNNPLSGLTHKRRLNALGPGGLSRERAGFEVRDVHPSHYGRMCPIETPEGPNIGLIGSLASYGRINPFGFIETPYRKVVEGQVTDDVDYLTADEEDRFVIAQANAALGDDMRFAEARVLVRRRGGEVDYVPGDDVDYMDVSPRQMVSVATAMIPFLEHDDANRALMGANMMRQAVPLIKSESPLVGTGMEYRSAADAGDVVKAEKAGVVQEVSADYITTTNDDGTYITYRLAKFSRSNQGTSVNQKVIVAEGDRIIEGQVLADGPATENGEMALGKNLLVAFMPWEGHNYEDAIILSQRLVQDDVLSSIHIEEHEVDARDTKLGPEEITRDIPNVSEEVLADLDERGIIRIGAEVVAGDILVGKVTPKGETELTPEERLLRAIFGEKAREVRDTSLKVPHGEIGKVIGVRVFDREEGDELPPGVNQLVRVYVAQKRKITDGDKLAGRHGNKGVISKINPIEDMPFLEDGTPVDIILNPLAVPSRMNPGQVLEIHLGWLASRGWDVSGLAEEWAQRLQVIGADKVEPGTNVATPVFDGAREDELAGLLQHTIPNRDGERMVLPSGKARLFDGRSGEPFPEPISVGYMYILKLHHLVDDKLHARSTGPYSMITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYALQELLTIKSDDVTGRVKVYEAIVKGENIPEPGIPESFKVLIKEMQSLCLNVEVLSSDGMSIEMRDTDEDVFRAAEELGIDLSRREPSSVEEV

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	145912.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLDVNFFDELRIGLATADDIRQWSHGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCEKIFGPTRDWECYCGKYKRVRFKGIICERCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVTHIWYFKGVPSRLGYLLDLAPKDLEKVIYFAAYMITFVDEERRTRDLPSLEAHVSVERQQIEQRRDSDLEARAKKLETDLAELEAEGAKADVRRKVREGAEREMKQLRDRAQREIDRLDEVWNRFKNLKVQDLEGDELLYRELRDRFGTYFDGSMGAAALQKRLESFDLDEEAERLREIIRTGKGQKKTRALKRLKVVSAFLQTSNSPKGMVLDCVPVIPPDLRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLGAPEIIVNNEKRMLQEAVDALFDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSARSVIVVGPQLKLHQCGLPKAMALELFKPFVMKRLVDLNHAQNIKSAKRMVERGRTVVYDVLEEVIAEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPQLVEGKAIQIHPLVCTAFNADFDGDQMAVHLPLSAEAQAEARILMLSSNNILKPADGRPVTMPTQDMVLGLFFLTTDSEGRSPKGEGRAFGSSAEAIMAFDAGDLTLQAKIDIRFPVGTIPPRGFEPPAREEGEPEWQQGDTFTLKTTLGRALFNELLPEDYPFVDYEVGKKQLSEIVNDLAERYPKVIVAATLDNLKAAGFFWATRSGVTVAISDIVVPDAKKEIVKGYEGQDEKVQKQYERGLITKEERTQELIAIWTKATNEVAEAMNDNFPKTNPVSMMVNSGARGNMMQMRQIAGMRGLVSNAKNETIPRPIKASFREGLSVLEYFISTHGARKGLADTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIIREEDCGTERGLKLPIATRDADGTLRKAEDVETSVYARMLAEDVVIDGKVIAPANVDLGDVLIDALVAHGVEEVKTRSILTCESQVGTCAMCYGRSLATGKLVDIGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDDITQGLPRVVELFEARTPKGVAPISEASGRVRIEETEKTKKIVVTPDDGSDETAFPISKRARLLVGEGDHVEVGQKLTVGATNPHDVLRILGQRAVQVHLVGEVQKVYNSQGVSIHDKHIEIIIRQMLRRVTIIESGDAELLPGELVERTKFETENRRVVQEGGHPASGRPQLMGITKASLATESWLSAASFQETTRVLTDAAINAKSDSLIGLKENVIIGKLIPAGTGLSRYRNIRVEPTEEAKAAMYSAVGYDDIDYSPFGTGSGQAVPLEDYDYGPYNQHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	9716.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSSSISAPEGIINPPIDELLEATDSKYSLVIYAAKRARQINAYYSQLGEGLLEYVGPLVDTHVHEKPLSIALREINAGLLTSEAIEGPAQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase principal sigma factor HrdB
分子量 formula_weight	58189.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSASTSRTLPPEIAESVSVMALIERGKAEGQIAGDDVRRAFEADQIPATQWKNVLRSLNQILEEEGVTLMVSAAEPKRTRKSVAAKSPAKRTATKAVAAKPVTSRKATAPAAPAAPATEPAAVEEEAPAKKAAAKKTTAKKATAKKTTAKKAAAKKTTAKKEDGELLEDEATEEPKAATEEPEGTENAGFVLSDEDEDDAPAQQVAAAGATADPVKDYLKQIGKVPLLNAEQEVELAKRIEAGLFAEDKLANSDKLAPKLKRELEIIAEDGRRAKNHLLEANLRLVVSLAKRYTGRGMLFLDLIQEGNLGLIRAVEKFDYTKGYKFSTYATWWIRQAITRAMADQARTIRIPVHMVEVINKLARVQRQMLQDLGREPTPEELAKELDMTPEKVIEVQKYGREPISLHTPLGEDGDSEFGDLIEDSEAVVPADAVSFTLLQEQLHSVLDTLSEREAGVVSMRFGLTDGQPKTLDEIGKVYGVTRERIRQIESKTMSKLRHPSRSQVLRDYLD

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	RNA polymerase-binding protein RbpA
分子量 formula_weight	14146.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSERALRGTRLVVTSYETDRGIDLAPRQAVEYACEKGHRFEMPFSVEAEIPPEWECKVCGAQALLVDGDGPEEKKAKPARTHWDMLMERRTREELEEVLEERLAVLRSGAMNIAVHPRDSRKSA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	Putative transcriptional factor regulator
分子量 formula_weight	17855.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MTFKVGDTVVYPHHGAALIEAIETRQIKGVDKTYLVLKVAQGDLTVRVPADNAEFVGVRDVVGQDGLDRVFEVLRAPYAEEPTNWSRRYKANLEKLASGDVIKVAEVVRDLWRRERERGLSAGEKRMLAKARQILVSELALAENTNEDKAEALLDEVLAS

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 8 polymer

描述 description	Regulatory protein AfsR
分子量 formula_weight	31479.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMDGGPRVPEQRRPGFPAEEEESGALRFGVLGPVRAWRDGETLATGSPQQRALLAALLLREGRTATAGELIDALWGEEPPSQALAAVRTYASRLRKVLDPGVLVSESGGYAVRGLAEGALDLARAQDLASAAEKARSAGDLCHARDLLRRALDLWDGEVLAGVPGPYAQTQRVRLGEWRLQLLETRLDMDLDQGCHAEAVSELTALTAAHPLRERLRELLMLALYRSGRQAEALAVYADTRRLLADELGVDPRPGLQELQQRILQADPALA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 9 polymer

描述 description	DNA (65-MER)
分子量 formula_weight	19863.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O

GTAGCCGGAGCGTTCAGCGTTCGTTTATCTCCCCCTGGCACTGTCATCTCCGTCAGACCGTCGCA

Entity 10 polymer

描述 description	DNA (65-MER)
分子量 formula_weight	20086.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

TGCGACGGTCTGACGCTCTACACAGTGCCAGGGGGAGATAAACGAACGCTGAACGCTCCGGCTAC

Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.35 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	95223

fit	/app/data/saxs_computation/hv/8hvr/8hvr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/8hvr/8hvr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/8hvr/8hvr.dat

Cryo-EM structure of AfsR-dependent transcription activation complex with afsS promoter

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)