8i2j

E. coli tryptophanyl-tRNA synthetase bound with a chemical fragment at the dimerization interface

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i2j
沉积日期 deposition_date	2023-01-14
结构标题 title	E. coli tryptophanyl-tRNA synthetase bound with a chemical fragment at the dimerization interface
关键词 keywords	tryptophanyl-tRNA synthetase, dimer interface, fragment screening, antibacterials, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.98 Å
零角强度 I(0) i0	82207500.00
分子量 molecular_weight	71851.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89847 Å³
包络体积 envelope_volume	111320 Å³
水化壳体积 shell_volume	32716 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.09 Å
包络 Rg envelope_rg	31.44 Å
形状 Rg shape_rg	30.96 Å
总 Rg total_rg	31.41 Å
总原子数 total_atoms	5057
残基数 n_residues	654
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	82190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7577
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.728
峰度 Kurtosis kurtosis	0.122
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.497; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.450; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan--tRNA ligase
分子量 formula_weight	38373.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5129

MTKPIVFSGAQPSGELTIGNYMGALRQWVNMQDDYHCIYCIVDQHAITVRQDAQKLRKATLDTLALYLACGIDPEKSTIFVQSHVPEHAQLGWALNCYTYFGELSRMTQFKDKSARYAENINAGLFDYPVLMAADILLYQTNLVPVGEDQKQHLELSRDIAQRFNALYGEIFKVPEPFIPKSGARVMSLLEPTKKMSKSDDNRNNVIGLLEDPKSVVKKIKRAVTDSDEPPVVRYDVQNKAGVSNLLDILSAVTGQSIPELEKQFEGKMYGHLKGEVADAVSGMLTELQERYHRFRNDEAFLQQVMKDGAEKASAHASRTLKAVYEAIGFVAKRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-(4-methoxyphenyl)ethanone
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	TRYPTOPHANYL-5'AMP
分子量 formula_weight	533.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.795 Å
晶胞边长 b length_b	80.423 Å
晶胞边长 c length_c	78.658 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2262
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2602

fit	/app/data/saxs_computation/i2/8i2j/8i2j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i2/8i2j/8i2j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i2/8i2j/8i2j.dat

E. coli tryptophanyl-tRNA synthetase bound with a chemical fragment at the dimerization interface

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction