8i34

The crystal structure of EPD-BCP1 from a marine sponge

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 136.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i34
沉积日期 deposition_date	2023-01-16
结构标题 title	The crystal structure of EPD-BCP1 from a marine sponge
关键词 keywords	;ependymin family, carotenoprotein, astaxanthin, mytiloxanthin, coloration, bathochromic shift, N-glycosylation, marine blue sponge, LIPID BINDING PROTEIN ;; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.28 Å
零角强度 I(0) i0	372121000.00
分子量 molecular_weight	161120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	203130 Å³
包络体积 envelope_volume	281370 Å³
水化壳体积 shell_volume	58967 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.07 Å
包络 Rg envelope_rg	39.63 Å
形状 Rg shape_rg	40.26 Å
总 Rg total_rg	40.65 Å
总原子数 total_atoms	11347
残基数 n_residues	1400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	372100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8693
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.397
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.235
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	114300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.816

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	alpha subunit of EPD-BCP1
分子量 formula_weight	21130.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11607

MKQLLIFALIAAIASAVPTCKETPPQWSGDLFDWTIGVGAKIVLRIATVNYDRDSESIKITDVDRNPGPKQTELLLYKSNTRYLVVGSDCTKGTTQGEFPSFGAHEGSQRDGNLILGAQPPNPGVGVDIFEGSTEREAFYGEYIPIGEGKQCVPAIESTASLLPLALRTAQYGNITTTLPTDPFSIPPECTHLVTN

Entity 2 polymer

描述 description	beta subunit of EPD-BCP1
分子量 formula_weight	21171.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MKCLLIIALIASVAAIAQSQAPTCTDIPETWNGMVFENLIRDGKKSVRRSNTSYDKGSESIKSVDIKSTGGPLRTELLLYKTKTRYVVVNGNCTKSTLEGDFPNFGVAAGSSSAGATYLGSSMPNLGLLVNLFYGTDERKRYFFNEYAPIGSGSTCIPVMVTYATLEPLELGYLQYGNITTTLPTDAFSVPPECNT

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E})-4,8,13,17-tetramethyl-3-oxidanyl-19-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]-1-[(1~{R},4~{S})-1,2,2-trimethyl-4-oxidanyl-cyclopentyl]nonadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaen-18-yn-1-one ;
分子量 formula_weight	598.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ASTAXANTHIN
分子量 formula_weight	596.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	260

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.749 Å
晶胞边长 b length_b	101.380 Å
晶胞边长 c length_c	112.588 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	75.320 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2015
R_free r_free	0.2482

fit	/app/data/saxs_computation/i3/8i34/8i34.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i3/8i34/8i34.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i3/8i34/8i34.dat

The crystal structure of EPD-BCP1 from a marine sponge

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)