8i4q

Crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i4q
沉积日期 deposition_date	2023-01-20
结构标题 title	Crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum
关键词 keywords	NADP dependent enzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.67 Å
零角强度 I(0) i0	181603000.00
分子量 molecular_weight	104610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129780 Å³
包络体积 envelope_volume	156600 Å³
水化壳体积 shell_volume	42691 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.4 Å
壳层 Rg shell_rg	37.96 Å
包络 Rg envelope_rg	29.72 Å
形状 Rg shape_rg	29.65 Å
总 Rg total_rg	30.41 Å
总原子数 total_atoms	7361
残基数 n_residues	958
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	181600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9103
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.579
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	64870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
分子量 formula_weight	52855.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8011

MTNGDNLAQIGVVGLAVMGSNLARNFARNGNTVAVYNRSTDKTDKLIADHGSEGNFIPSATVEEFVASLEKPRRAIIMVQAGNATDAVINQLADAMDEGDIIIDGGNALYTDTIRREKEISARGLHFVGAGISGGEEGALNGPSIMPGGPAKSYESLGPLLESIAANVDGTPCVTHIGPDGAGHFVKMVHNGIEYADMQVIGEAYHLLRYAAGMQPAEIAEVFKEWNAGDLDSYLIEITAEVLSQVDAETGKPLIDVIVDAAGQKGTGRWTVKAALDLGIATTGIGEAVFARALSGATSQRAAAQGNLPAGVLTDLEALGVDKAQFVEDVRRALYASKLVAYAQGFDEIKAGSDENNWDVDPRDLATIWRGGCIIRAKFLNRIVEAYDANAELESLLLDPYFKSELGDLIDSWRRVIVTATQLGLPIPVFASSLSYYDSLRAERLPAALIQGQRDFFGAHTYKRIDKDGSFHTEWSGDRSEVEALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	196627
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	650

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.004 Å
晶胞边长 b length_b	119.471 Å
晶胞边长 c length_c	153.446 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	33.840 Å
R 因子 r_factor	0.1660
R_work r_work	0.1641
R_free r_free	0.2022

fit	/app/data/saxs_computation/i4/8i4q/8i4q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i4/8i4q/8i4q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i4/8i4q/8i4q.dat

Crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction