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8i4y

CalA3 complex structure with amidation product

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 201.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8i4y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8i4y
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8i4y
沉积日期 deposition_date2023-01-21
结构标题 titleCalA3 complex structure with amidation product
关键词 keywordsmegaenzyme, HYDROLASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.00 Å
零角强度 I(0) i01854940000.00
分子量 molecular_weight349590.0 kDa
排除体积 excluded_volume433890 ų
包络体积 envelope_volume658940 ų
水化壳体积 shell_volume100210 ų
包络直径 envelope_diameter198.8 Å
壳层 Rg shell_rg56.13 Å
包络 Rg envelope_rg55.64 Å
形状 Rg shape_rg57.01 Å
总 Rg total_rg56.94 Å
总原子数 total_atoms49070
残基数 n_residues3374
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax201.5 Å
Rg (实空间) rg_real57.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.22 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1854000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8293
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.2 Å
偏度 Skewness skewness0.452
峰度 Kurtosis kurtosis-0.226
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha94600000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.758
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id8i4yA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id8i4yB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
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7. 引用文献 (1)

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8. 文件与曲线 (10)