8i6d

;Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Uracil-DNA glycosylase in complex with 5-Hydroxy-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione, Form VI ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i6d
沉积日期 deposition_date	2023-01-27
结构标题 title	;Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Uracil-DNA glycosylase in complex with 5-Hydroxy-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione, Form VI ;
关键词 keywords	DNA repair, Base excision repair, Inhibitor-complex, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.06 Å
零角强度 I(0) i0	37605400.00
分子量 molecular_weight	47793.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60021 Å³
包络体积 envelope_volume	73337 Å³
水化壳体积 shell_volume	24907 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.90 Å
包络 Rg envelope_rg	24.66 Å
形状 Rg shape_rg	25.02 Å
总 Rg total_rg	25.96 Å
总原子数 total_atoms	3380
残基数 n_residues	444
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9048
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.312
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.598
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8142000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	25813.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3542

MHHHHHHGMASMTARPLSELVERGWAAALEPVADQVAHMGQFLRAEIAAGRRYLPAGSNVLRAFTFPFDNVRVLIVGQDPYPTPGHAVGLSFSVAPDVRPWPRSLANIFDEYTADLGYPLPSNGDLTPWAQRGVLLLNRVLTVRPSNPASHRGKGWEAVTECAIRALAARAAPLVAILWGRDASTLKPMLAAGNCVAIESPHPSPLSASRGFFGSRPFSRANELLVGMGAEPIDWRLP

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	5-oxidanyl-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione
分子量 formula_weight	128.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	141

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	45.980 Å
晶胞边长 b length_b	77.990 Å
晶胞边长 c length_c	59.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	25.610 Å
R 因子 r_factor	0.2032
R_work r_work	0.1999
R_free r_free	0.2697

fit	/app/data/saxs_computation/i6/8i6d/8i6d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/8i6d/8i6d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/8i6d/8i6d.dat

;Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Uracil-DNA glycosylase in complex with 5-Hydroxy-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione, Form VI ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction