8i6g

Crystal structure of the African swine fever virus DNA sliding clamp (native form)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i6g
沉积日期 deposition_date	2023-01-28
结构标题 title	Crystal structure of the African swine fever virus DNA sliding clamp (native form)
关键词 keywords	DNA polymerase processivity factor, sliding clamp, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.81 Å
零角强度 I(0) i0	58588900.00
分子量 molecular_weight	63090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80177 Å³
包络体积 envelope_volume	98455 Å³
水化壳体积 shell_volume	29348 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.87 Å
包络 Rg envelope_rg	28.66 Å
形状 Rg shape_rg	28.83 Å
总 Rg total_rg	29.37 Å
总原子数 total_atoms	4452
残基数 n_residues	554
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8865
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.393
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.780

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	146.767 Å
晶胞边长 b length_b	146.767 Å
晶胞边长 c length_c	94.491 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	22.386 Å
R 因子 r_factor	0.2045
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2302

描述 description	ASFV DNA sliding clamp
分子量 formula_weight	36446.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4673

Crystal structure of the African swine fever virus DNA sliding clamp (native form)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	African swine fever virus BA71V
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10498
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	221

fit	/app/data/saxs_computation/i6/8i6g/8i6g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/8i6g/8i6g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/8i6g/8i6g.dat