8i8c

Plug structure of the Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 119.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i8c
沉积日期 deposition_date	2023-02-03
最后修订 last_revision	2023-12-13
结构标题 title	Plug structure of the Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
关键词 keywords	virus, capsid protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.40 Å
零角强度 I(0) i0	156735000.00
分子量 molecular_weight	102730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129470 Å³
包络体积 envelope_volume	179960 Å³
水化壳体积 shell_volume	41707 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.88 Å
包络 Rg envelope_rg	36.10 Å
形状 Rg shape_rg	36.37 Å
总 Rg total_rg	36.91 Å
总原子数 total_atoms	7211
残基数 n_residues	879
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	156700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8766
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.247
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.744
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	102000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	P40
分子量 formula_weight	41583.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L
原子数 atom_count	7211

MSAIALYLEINKLRLKIDEPMQLAIWPQLFPLLCDEHQSVQLNTDVLINFMMHVARKSQNTILNNNAAIASQYAAGNADVVAAPASAQPTPRPVINLFARANAAAPAQPSEELINMRRYRNAARKLIHHYSLNSTSSTEYKISDVVMTMIFLLRSEKYHSLFKLLETTFDDYTCRPQMTQVQTDTLLDAVRSLLEMPSTTIDLTTVDIMRSSFARCFNSPIMRYAKIVLLQNVALQRDKRTTLEELLIERGEKIQMLQPQQYINSGTEIPFCDDAEFLNRLLKHIDPYPLSRMYYNAANTMFYTTMENYAVSNCKFNIEDYNNIFKVMENIRKHSNKNSNDQDELNIYLGVQSSNAKRKKY

Entity 2 polymer

描述 description	Occlusion-derived virus envelope/capsid protein
分子量 formula_weight	33568.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MKRIKCNKVRTVTEIVNSDEKIQKTYELAEFDLKNLSSLESYETLKIKLALSKYMAMLSTLEMTQPLLEIFRNKADTRQIAAVVFSTLAFIHNRFHPLVTNFTNKMEFVVTETNDTSIPGEPILFTENEGVLLCSVDRPSIVKMLSREFDTEALVNFENDNCNVRIAKTFGASKRKNTTRSDDYESNKQPNYDMDLSDFSITEVEATQYLTLLLTVEHAYLHYYIFKNYGVFEYCKSLTDHSLFTNKLRSTMSTKTSNLLLSKFKFTIEDFDKINSNSVTSGFNIYNFNK

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36127

fit	/app/data/saxs_computation/i8/8i8c/8i8c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i8/8i8c/8i8c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i8/8i8c/8i8c.dat

Plug structure of the Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)