8i8e

Acyl-ACP synthetase structure bound to C18:1-ACP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 179.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i8e
沉积日期 deposition_date	2023-02-04
结构标题 title	Acyl-ACP synthetase structure bound to C18:1-ACP
关键词 keywords	Acyl-ACP synthetase, Tool enzyme, CYTOSOLIC PROTEIN, Ligase, TRANSPORT PROTEIN-CYTOSOLIC PROTEIN complex; TRANSPORT PROTEIN/CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.75 Å
零角强度 I(0) i0	2289400000.00
分子量 molecular_weight	412660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	520180 Å³
包络体积 envelope_volume	756040 Å³
水化壳体积 shell_volume	108360 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.4 Å
壳层 Rg shell_rg	64.43 Å
包络 Rg envelope_rg	53.57 Å
形状 Rg shape_rg	54.73 Å
总 Rg total_rg	55.06 Å
总原子数 total_atoms	29058
残基数 n_residues	3606
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.9 Å
Rg (实空间) rg_real	55.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2290000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8877
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.122
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.633
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	481300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.801

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8985.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,a,b,c,d,e
原子数 atom_count	29058

MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADXLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Acyl-acyl carrier protein synthetase
分子量 formula_weight	60496.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,F,B,C,E

MNQYVNDPSNYQLLIKNLLFSPVAFNPEQEIVYANHRRHSYKTFHDRVRQFANALTKMGVKKGDTVAVMDYDSHRYLECYFAIPMIGAKLHMINVRLSPEQILYTIDHAEDDIILIHEEFLPILDQIKGRIDTVTRYVVLRDDEECEYERLLEQESTEYNFPDFDENTVATTFYTTGTTGFPKGVFFTHRQLVLHTMGILSTIGTNASQGRLHQGDIYMPITPMFHVHAWGLPYMATMLGVKQVYPGKYVPDVLLNLIEQEKVTFSHCVPTILHLLLSSPKSKAMDFSGWKVVIGGAALPKALCKSALERDIDVFAGYGMSETGPILSIVQLTPEQLELDVDQQAEYRSKTGKKVALVEAYIVDEDMNKLPHDGETAGEIVVRAPWLTPNYYKDNKNSKALWRGGYLHTGDVAHIDDEGFIKITDRVKDMIKISGEWVSSLELEDILHQHQSVSEVAVIGMPHNKWGEVPLALVTLKEDAQVTEKELLGFAKDFINKGILAREALLLKVKIVDEIAKTSVGKVDKKELRKLHL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio harveyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	669
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.63 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	299233

fit	/app/data/saxs_computation/i8/8i8e/8i8e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i8/8i8e/8i8e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i8/8i8e/8i8e.dat

Acyl-ACP synthetase structure bound to C18:1-ACP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)