8ibg

Respiratory complex CIII2, focus-refined of type II, Wild type mouse under cold temperature

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 154.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ibg
沉积日期 deposition_date	2023-02-10
结构标题 title	Respiratory complex CIII2, focus-refined of type II, Wild type mouse under cold temperature
关键词 keywords	Respiratory complex, Respiratory supercomplex, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.17 Å
零角强度 I(0) i0	2526190000.00
分子量 molecular_weight	431420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	543860 Å³
包络体积 envelope_volume	756550 Å³
水化壳体积 shell_volume	116710 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.9 Å
壳层 Rg shell_rg	58.02 Å
包络 Rg envelope_rg	51.65 Å
形状 Rg shape_rg	53.15 Å
总 Rg total_rg	53.35 Å
总原子数 total_atoms	30396
残基数 n_residues	3789
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.0 Å
Rg (实空间) rg_real	53.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2527000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8455
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	203800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.997; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	52910.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,Aa
原子数 atom_count	30396

MAASAVCRAACSGTQVLLRTRRSPALLRLPALRGTATFAQALQSVPETQVSILDNGLRVASEQSSHATCTVGVWIDAGSRYETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGNALEKEVESIGAHLNAYSTREHTAYLIKALSKDLPKVVELLADIVQNSSLEDSQIEKERDVILREMQENDASMQNVVFDYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRRLSRTDLTDYLNRHYKAPRMVLAAAGGVEHQQLLDLAQKHLSSVSRVYEEDAVPGLTPCRFTGSEIRHRDDALPLAHVAIAVEGPGWANPDNVTLQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASVAVANKLCQSFQTFNISYSDTGLLGAHFVCDAMSIDDMVFFLQGQWMRLCTSATESEVTRGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIQEVDAQMLRDICSKYFYDQCPAVAGYGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	48289.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AB,Ab

MKLLSRAGSFSRFYSLKVAPKVKTSAAPGGVPLQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYAPLSRIGLFVKAGSRYEDSNNLGTSHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMAYTVEGIRSDIEILMEFLLNVTTAPEFRRWEVAALRSQLKIDKAVAFQNSQTRIIENLHDVAYKNALANPLYCPDYRMGKITSEELHYFVQNHFTSARMALVGLGVSHSVLKQVAEQFLNMRGGLGLAGAKAKYRGGEIREQNGDNLVHAAIVAESAAIGNAEANAFSVLQHLLGAGPHIKRGNNTTSLLSQSVAKGSHQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQAAAAGEVINAAYNQVKAVAQGNLSSADVQAAKNKLKAGYLMSVETSEGFLSEIGSQALAAGSYMPPSTVLQQIDSVADADVVKAAKKFVSGKKSMAASGNLGHTPFLDEL

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	43240.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AC,Ac

MTNMRKTHPLFKIINHSFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGVCLMVQIITGLFLAMHYTSDTMTAFSSVTHICRDVNYGWLIRYMHANGASMFFICLFLHVGRGLYYGSYTFMETWNIGVLLLFAVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTTLVEWIWGGFSVDKATLTRFFAFHFILPFIIAALAIVHLLFLHETGSNNPTGLNSDADKIPFHPYYTIKDILGILIMFLILMTLVLFFPDMLGDPDNYMPANPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALILSILILALMPFLHTSKQRSLMFRPITQILYWILVANLLILTWIGGQPVEHPFIIIGQLASISYFSIILILMPISGIIEDKMLKLYP

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	35374.7 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AD,Ad

MAAAAASLRRTVLGPRGVGLPGASAPGLLGGARSRQLPLRTPQAVSLSSKSGPSRGRKVMLSALGMLAAGGAGLAVALHSAVSASDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLVGVCYTEEEAKALAEEVEVQDGPNDDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARHGGEDYVFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIGMAPPIYTEVLEYDDGTPATMSQVAKDVATFLRWASEPEHDHRKRMGLKMLLMMGLLLPLTYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	29406.6 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AE,AI,Ae,Ai

MLSVAARSGPFAPVLSATSRGVAGALRPLLQGAVPAASEPPVLDVKRPFLCRESLSGQAAARPLVATVGLNVPASVRFSHTDVKVPDFSDYRRAEVLDSTKSSKESSEARKGFSYLVTATTTVGVAYAAKNVVSQFVSSMSASADVLAMSKIEIKLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTKKEIDQEAAVEVSQLRDPQHDLDRVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRKGPAPLNLEVPAYEFTSDDVVVVG

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	13587.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AF,Af

MAGRSAVSASSKWLDGFRKWYYNAAGFNKLGLMRDDTLHETEDVKEAIRRLPEDLYNDRMFRIKRALDLTMRHQILPKDQWTKYEEDKFYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	9783.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AG,Ag

MGREFGNLARIRHVISYSLSPFEQRAFPSYFSKGIPNVLRRTRERILRVAPPFVVVYLIYTWGNQEFEQSKRKNPAMYENDK

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	10452.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AH,Ah

MGLEDERKMLTGSGDPKEEEEEELVDPLTTVREHCEQLEKCVKARERLELCDNRVSSRSQTEEDCTEELFDFLHARDHCVAHKLFKNLK

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 9
分子量 formula_weight	7457.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AJ,Aj

MSSPTIPSRLYSLLFRRTSTFALTIAVGALFFERAFDQGADAIYEHINEGKLWKHIKHKYENKE

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10
分子量 formula_weight	6546.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AK,Ak

MLSRFLGPRYRELARNWIPTAGMWGTVGAVGLVWATDWRLILDWVPYINGKFKKDD

Entity 11 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 non-polymer

描述 description	5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
分子量 formula_weight	592.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 15 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 16 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	177076

fit	/app/data/saxs_computation/ib/8ibg/8ibg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ib/8ibg/8ibg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ib/8ibg/8ibg.dat

Respiratory complex CIII2, focus-refined of type II, Wild type mouse under cold temperature

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)