8ie2

Crystal structure of Lactiplantibacillus plantarum GlyRS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 205.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ie2
沉积日期 deposition_date	2023-02-15
结构标题 title	Crystal structure of Lactiplantibacillus plantarum GlyRS
关键词 keywords	aminoacyl-tRNA synthetase, TRANSFERASE, LIGASE; TRANSFERASE,LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.18 Å
零角强度 I(0) i0	2671600000.00
分子量 molecular_weight	439570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	551410 Å³
包络体积 envelope_volume	856390 Å³
水化壳体积 shell_volume	114300 Å³
包络直径 envelope_diameter	224.9 Å
壳层 Rg shell_rg	65.44 Å
包络 Rg envelope_rg	60.11 Å
形状 Rg shape_rg	61.16 Å
总 Rg total_rg	61.37 Å
总原子数 total_atoms	30972
残基数 n_residues	3854
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	205.4 Å
Rg (实空间) rg_real	61.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2672000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8684
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	79.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.202
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	155200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.764

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycine--tRNA ligase alpha subunit
分子量 formula_weight	34729.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,D,C
原子数 atom_count	30972

GPMSKKLSVQEIILTLQKFWSDQGCMLMQSYDTEKGAGTMSPYTFLRAIGPEPWNAAYVEPSRRPADGRYGENPNRLYQHHQFQVVMKPSPENVQDLYLQSLEKLGINPLEHDIRFVEDNWENPSMGCAGVGWEVWLDGMEISQFTYFQQVGGLEVDPVTSEITYGLERLSSYIQDVNSVFDLEWGDGVKYGDIFLEPEFENSKYAFEDSNEELLLMLFDEYEKEAKRQIKNGLVHPAYDYCLKCSHTFNLMDARGMVSVTERAGYLDRIRNMAKSIAKEFVAQREKRGFPLLKHAQEETK

来源 Source

来源生物 organism	Lactiplantibacillus plantarum WCFS1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	220668
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Glycine--tRNA ligase beta subunit
分子量 formula_weight	78633.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,F,E,G

MAKTYLLEIGLEEMPAHVVTPSVLQLKERMIKFLKDARLDFEDVKTFSTPRRLTVQVLGLADKQADVKKEVRGPAKKIAQDADGNWTKAAIGFSKGQGASTDDIVFKDVKGTPYVFVQTFTAGKTAAEVLTGGIKDVITKMNFPTMMKWSTYSFKYIRPIRWIVSLLDDEVVPVQILDVAAGRVSRGHRFLGHDVEIATAADYEADLASVQVVADAAKRKATIREQIAALANERDWQIKVNEDLLEEVNNLVEYPTAFAGDFDTKYLTIPDEVLITSMRDHQRFFYVTDAEDNLLPHFVSVRNGNTDHLENVALGNQKVLTARLEDAAFFYHEDQQHSIQEYVERLKKVSFHDKIGTMYEKMQRVMIISDFLADRFGLTETEKNQLHRAAQIYKFDLVTGMVGEFPELQGVMGDKYAVLKGEDPAVGQAIREHYMPISADGDLPKSKVGAVLAIADKVDSITSFFAVGLTPSGSNDPFALRRQAFGIVRIVREQGWDFPIRQLEADIQKELVAHDATYNLDFEKQTAPVADFLTDRVKQWFNNRKIRYDIVDTVIKGSRQDIREMFKAADVLNAHQDDPQFKDTIEAFTRLLRITAKAKLAADDLTVDPSLFENEAEQHLYDAVLELQKQFTPAMSMEDRFKALAALRPLIVDYFEQTMVMSKDEKVRDNHLKQLLTIAQMINVMGDLNQLIVK

来源 Source

来源生物 organism	Lactiplantibacillus plantarum WCFS1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	220668
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	155.140 Å
晶胞边长 b length_b	163.170 Å
晶胞边长 c length_c	155.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	48.630 Å
R 因子 r_factor	0.2217
R_work r_work	0.2153
R_free r_free	0.2442

fit	/app/data/saxs_computation/ie/8ie2/8ie2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ie/8ie2/8ie2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ie/8ie2/8ie2.dat

Crystal structure of Lactiplantibacillus plantarum GlyRS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)