SAXSdb — 8ih7

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ih7
沉积日期 deposition_date	2023-02-22
最后修订 last_revision	2024-02-28
结构标题 title	AmnG-AmnH complex
关键词 keywords	;meta-cleavage pathway for 2-aminophenol catabolism. Aldolase for 4-hydroxy-2-oxovalerate. Acetaldehyde dehydrogenase, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.75 Å
零角强度 I(0) i0	300792000.00
分子量 molecular_weight	139220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173480 Å³
包络体积 envelope_volume	215580 Å³
水化壳体积 shell_volume	47646 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.91 Å
包络 Rg envelope_rg	42.14 Å
形状 Rg shape_rg	40.76 Å
总 Rg total_rg	40.76 Å
总原子数 total_atoms	9757
残基数 n_residues	1306
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.4 Å
Rg (实空间) rg_real	40.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	300600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7133
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.769
峰度 Kurtosis kurtosis	0.173
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	128200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.362; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.300; Smooth: 0.881

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
分子量 formula_weight	38552.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.3.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10057

HHHHHHLVPRGSMIDQAKKIYISDVTLRDGMHAIRHRYTLNHVSQIARALDEAGVDSIEVAHGDGLKGSSFNYGFGAYSDLEWISAAAEAVKQAKIATLLLPGIGTVHDLREAYDAGARVVRVATHCTEADVSRQHIEYARGLGMDTVGFLMMSHMQTPVGLAQQAKLMENYGAQCIYVVDSGGAMNMWDIAERFKALKDVLDPATQTGMHAHHNLSLGVANSLVALENGCDRVDASLTGMGAGAGNAPLEVFIAAAERMGLNHGCDVKKLINAAEDIVRPLQERPVRVDRETLALGYAGVYSSFLRHAETAAKKYNLSAFDILVELGKRRMIGGQEDMIVDVALDMAKGRVLPT

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	306
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Acetaldehyde dehydrogenase
分子量 formula_weight	33615.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

LNWMSDDRLSVAIIGSGNIGTDLMIKIMRNSKLLKVGAMVGIDPKSDGLARAQRLGVPTTAEGVDGLLDMPAFRDIKIAFDATSAGAQAIHNQKLQAHGVRVIDLTPAAIGPYVIPVVNFDQHVDAPNINMVTCGGQATIPIVHAVSKVSPVHYAEIVASISSKSAGPGTRANIDEFTETTSKAILEVGGAAQGRAIIILNPAEPPLIMRDTVYCFVSAEANIDAITDSVEQMVKSVQEYVPGYRLKQKVQFEKIVAGNEQNIPGLGWSTGLKVSVFLEVEGAGHYLPSYAGNLDIMTSAGLTVAERIAGSGVQVGGLK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	306
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	OXALATE ION
分子量 formula_weight	88.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	300

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.029 Å
晶胞边长 b length_b	252.288 Å
晶胞边长 c length_c	60.785 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	20.110 Å
R 因子 r_factor	0.1749
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2227

fit	/app/data/saxs_computation/ih/8ih7/8ih7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ih/8ih7/8ih7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ih/8ih7/8ih7.dat

AmnG-AmnH complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)