SAXSdb — 8ij9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ij9
沉积日期 deposition_date	2023-02-26
结构标题 title	Crystal structure of the ELKS1/Rab6B complex
关键词 keywords	small GTPase, scaffold protein, protein complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.59 Å
零角强度 I(0) i0	52430200.00
分子量 molecular_weight	55400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69162 Å³
包络体积 envelope_volume	84030 Å³
水化壳体积 shell_volume	28727 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.68 Å
包络 Rg envelope_rg	24.93 Å
形状 Rg shape_rg	24.59 Å
总 Rg total_rg	25.40 Å
总原子数 total_atoms	3882
残基数 n_residues	475
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8624
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.388
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.133
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.761; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.935

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-6B
分子量 formula_weight	19641.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	Q72L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4124

GPGSGNPLRKFKLVFLGEQSVGKTSLITRFMYDSFDNTYQATIGIDFLSKTMYLEDRTVRLQLWDTAGLERFRSLIPSYIRDSTVAVVVYDITNLNSFQQTSKWIDDVRTERGSDVIIMLVGNKTDLADKRQITIEEGEQRAKELSVMFIETSAKTGYNVKQLFRRVASALPG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
分子量 formula_weight	8925.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GPGSRKHLEEVLEMKQEALLAAISEKDANIALLELSSSKKKTQEEVAALKREKDRLVQQLKQQTQNRMKLMADNYEDD

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	226

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8ij9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8ij9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.193 Å
晶胞边长 b length_b	93.227 Å
晶胞边长 c length_c	53.077 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	51.560 Å
R 因子 r_factor	0.1745
R_work r_work	0.1719
R_free r_free	0.2251

fit	/app/data/saxs_computation/ij/8ij9/8ij9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ij/8ij9/8ij9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ij/8ij9/8ij9.dat

Crystal structure of the ELKS1/Rab6B complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)