SAXSdb — 8ijm

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ijm
沉积日期 deposition_date	2023-02-27
结构标题 title	Cyo-EM structure of K794A non-gastric proton pump in Na+ bound E1AMPPCP state
关键词 keywords	P-type ATPase, P2-type ATPase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.80 Å
零角强度 I(0) i0	271607000.00
分子量 molecular_weight	141920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180510 Å³
包络体积 envelope_volume	252010 Å³
水化壳体积 shell_volume	48834 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.90 Å
包络 Rg envelope_rg	47.69 Å
形状 Rg shape_rg	47.83 Å
总 Rg total_rg	47.55 Å
总原子数 total_atoms	9982
残基数 n_residues	1248
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.3 Å
Rg (实空间) rg_real	49.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	271300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5776
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.566
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.6900
最高正则化参数 α highest_alpha	22130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.657; Stabil: 0.933; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.572; Smooth: 0.171

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha
分子量 formula_weight	109084.6 kDa
突变 mutation	G315D, D512N, K794A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9982

GMDLDDHRLSNTELEQKYGTNIIQGLSSVRATELLARDGPNTLTPPKQTPEIIKFLKQMVGGFSILLWIGAALCWIAFVIQYVNNSASLDNVYLGAILVLVVILTGIFAYYQEAKSTNIMASFSKMIPQQALVIRDAEKKVISAEQLVVGDVVEIKGGDQIPADIRLVFSQGCKVDNSSLTGESEPQARSTEFTHENPLETKNIGFYSTTCLEGTATGIVINTGDRTIIGRIASLASGVGSEKTPIAIEIEHFVHIVAGVAVSIDIIFFITAVCMKYYVLDAIIFLISIIVANVPEGLLATVTVTLSLTAKRMAKKNCLVKNLEAVETLGSTSIICSDKTGTLTQNRMTVAHLWFDNQIFVADTSENQTKQAFDQSSGTWASLSKIITLCNRAEFRPGQESVPIMKRTVVGDASETALLKFSEVILGDVMGIRKRNHKVAEIPFNSTNKFQLSIHETEDPNNKRFLVVMKGAPERILEKCSTIMINGQEQPLDKSSADSFHTAYMELGGLGERVLGFCHLYLPAEQFPQSYIFDVDSVNFPTSNFCFVGLLSMIDPPRSTVPDAVSKCRSAGIKVIMVTGDHPITAKAIAKSVGIISANNETVEDIAKRRNIAVEQVNKREAKAAVVTGMELKDMTPEQLDELLTNYQEIVFARTSPQQKLIIVEGCQRQDAIVAVTGDGVNDSPALKKADIGIAMGIAGSDAAKNAADMVLLDDNFASIVTGVEEGRLIFDNLKKTIAYTLTANIAELCPFLIYIVAGLPLPIGTITILFIDLGTDIIPSIALAYEKAESDIMNRKPRHKKKDRLVNTQLAIYSYLHIGLMQALGGFLVYFTVYAQQGFWPTSLINLRVAWETDDINDLEDSYGQEWTRYQRKYLEWTGSTAFFVAIMIQQIADLIIRKTRRNSIFQQGLFRNKVIWVGIASQVIVALILSYGLGSVPALSFTMLRVQYWFVAVPHAILIWVYDEMRKLFIRLYPGSWWDKNMYY

来源 Source

来源生物 organism	Rattus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10114
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
分子量 formula_weight	37516.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGDYKDDDDKSSGENLYFQGMARGKAKEEGSWKKFIWNSEKKEFLGRTGGSWFKILLFYVIFYGCLAGIFIGTIQVMLLTISELKPTYQDRVAPPGLTQIPQIQKTEISFRPNDPKSYEAYVLNIIRFLEKYKDSAQKDDMIFEDCGSMPSEPKERGEFNHERGERKVCRFKLDWLGNCSGLNDESYGYKEGKPCIIIKLNRVLGFKPKPPKNESLETYPLTMKYNPNVLPVQCTGKRDEDKDKVGNIEYFGMGGFYGFPLQYYPYYGKLLQPKYLQPLLAVQFTNLTLDTEIRIECKAYGENIGYSEKDRFQGRFDVKIEVKS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10114
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	787.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8ijmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198900

fit	/app/data/saxs_computation/ij/8ijm/8ijm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ij/8ijm/8ijm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ij/8ijm/8ijm.dat

Cyo-EM structure of K794A non-gastric proton pump in Na+ bound E1AMPPCP state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)