8ilh

The crystal structure of dG(Se-Sp)-DNA:Pol X product binary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ilh
沉积日期 deposition_date	2023-03-03
结构标题 title	The crystal structure of dG(Se-Sp)-DNA:Pol X product binary complex
关键词 keywords	DNA polymerase, substrate complex, selenium-modified dNTP, configuration, REPLICATION/DNA, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.26 Å
零角强度 I(0) i0	133724000.00
分子量 molecular_weight	91802.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115050 Å³
包络体积 envelope_volume	152790 Å³
水化壳体积 shell_volume	40729 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.14 Å
包络 Rg envelope_rg	31.75 Å
形状 Rg shape_rg	32.26 Å
总 Rg total_rg	32.76 Å
总原子数 total_atoms	6401
残基数 n_residues	733
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8764
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.418
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.248
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	17820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Repair DNA polymerase X
分子量 formula_weight	20522.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6965

GGGMLTLIQGKKIVNHLRSRLAFEYNGQLIKILSKNIVAVGSLRREEKMLNDVDLLIIVPEKKLLKHVLPNIRIKGLSFSVKVCGERKCVLFIEWEKKTYQLDLFTALAEEKPYAIFHFTGPVSYLIRIRAALKKKNYKLNQYGLFKNQTLVPLKITTEKELIKELGFTYRIPKKRL

来源 Source

来源生物 organism	African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted)
通用名 common_name	Ba71V, ASFV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10498
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPGPAPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2098.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,G,H

CGGATCC

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	[[(2R,3S,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-selanyl-phosphoryl] dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	490.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOSELENOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	410.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	564

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.471 Å
晶胞边长 b length_b	87.280 Å
晶胞边长 c length_c	87.056 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1831
R_work r_work	0.1807
R_free r_free	0.2273

fit	/app/data/saxs_computation/il/8ilh/8ilh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/il/8ilh/8ilh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/il/8ilh/8ilh.dat

The crystal structure of dG(Se-Sp)-DNA:Pol X product binary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)