8im3

Crystal structure of human HPPD complexed with compound a10

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8im3
沉积日期 deposition_date	2023-03-05
结构标题 title	Crystal structure of human HPPD complexed with compound a10
关键词 keywords	Complex, inhibitor, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.70 Å
零角强度 I(0) i0	909346000.00
分子量 molecular_weight	251290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	315140 Å³
包络体积 envelope_volume	434320 Å³
水化壳体积 shell_volume	82843 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.2 Å
壳层 Rg shell_rg	49.75 Å
包络 Rg envelope_rg	41.58 Å
形状 Rg shape_rg	42.69 Å
总 Rg total_rg	43.05 Å
总原子数 total_atoms	17741
残基数 n_residues	2227
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.5 Å
Rg (实空间) rg_real	43.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7430e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	909600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8751
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.133
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	168400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.893

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
分子量 formula_weight	44996.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	17896

MTTYSDKGAKPERGRFLHFHSVTFWVGNAKQAASFYCSKMGFEPLAYRGLETGSREVVSHVIKQGKIVFVLSSALNPWNKEMGDHLVKHGDGVKDIAFEVEDCDYIVQKARERGAKIMREPWVEQDKFGKVKFAVLQTYGDTTHTLVEKMNYIGQFLPGYEAPAFMDPLLPKLPKCSLEMIDHIVGNQPDQEMVSASEWYLKNLQFHRFWSVDDTQVHTEYSSLRSIVVANYEESIKMPINEPAPGKKKSQIQEYVDYNGGAGVQHIALKTEDIITAIRHLRERGLEFLSVPSTYYKQLREKLKTAKIKVKENIDALEELKILVDYDEKGYLLQIFTKPVQDRPTLFLEVIQRHNHQGFGAGNFNSLFKAFEEEQNLRGNLTNMETNGVVPGM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	[1,3-diethyl-2,2-bis(oxidanylidene)-2$l^{6},1,3-benzothiadiazol-5-yl]-(1-methyl-5-oxidanyl-pyrazol-4-yl)methanone
分子量 formula_weight	350.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.030 Å
晶胞边长 b length_b	88.895 Å
晶胞边长 c length_c	94.279 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.27 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	110.29 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.780 Å
最低分辨率 resolution_low	48.190 Å
R 因子 r_factor	0.2182
R_work r_work	0.2167
R_free r_free	0.2474

fit	/app/data/saxs_computation/im/8im3/8im3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/im/8im3/8im3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/im/8im3/8im3.dat

Crystal structure of human HPPD complexed with compound a10

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction